شهيد مطهري ، از تولد تا شهادت

مرتضي مطهري در قرية فريمان‌، در دوازده فرسنگي مشهد مقدس كه اكنون به شهرستاني بدل شده است‌، ديده به جهان گشود:
«تولد اينجانب در 12 جمادي‌الاولي / 1338 قمري مطابق 13 بهمن / 1298 شمسي بوده است‌.»
پدرش حاج شيخ محمدحسين مطهري بود كه سالها در نجف اشرف به تحصيل علوم اسلامي پرداخت و پس از مدتها سير و سفر در شهرهاي عراق‌، عربستان و مصر به زادگاه خويش ـ فريمان ـ بازگشت و تا پايان‌ِ عمرِ بيش از صد سال خود، در آنجا ماند. مادرش بانو سكينه دختر آخوند ملاجعفر روحاني بود كه يك سال پيش از امضاي مشروطيت (1323) با حاج شيخ محمدحسين مطهري ازدواج كرده‌، حاصل اين پيوند پنج پسر و دو دختر بود و مرتضي چهارمين فرزند خانواده بود. مرتضي بارها از پدر و مادرش به نيكي ياد كرده است و در مورد پدر گفته ‌:
«از وقتي يادم مي‌آيد ـ حداقل چهل سال پيش ـ من مي‌ديدم اين مرد بزرگ و شريف هيچ وقت نمي‌گذاشت و نمي‌گذارد كه وقت خوابش از سه ساعت از شب گذشته تأخير بيفتد. شام را سر شب مي‌خورد و سه ساعت از شب گذشته مي‌خوابد و حداقل دو ساعت به طلوع صبح مانده و شبهاي جمعه از سه ساعت به طلوع صبح مانده بيدار مي‌شود و حداقل قرآني كه تلاوت مي‌كند يك جزء است و با چه فراغت و آرامشي نماز شب مي‌خواند. حالا تقريباً صد سال از عمرش مي‌گذرد و هيچ وقت من نمي‌بينم كه يك خواب ناآرامي داشته باشد. و همان لذتهاي معنوي است كه اين چنين نگهش داشته‌. يك شب نيست كه پدر و مادرش را دعا نكند. يك نامادري داشته كه به او خيلي ارادتمند است و مي‌گويد خيلي به من محبت كرده است ‌، شبي نيست كه او را دعا نكند. يك شب نيست كه تمام خويشاوندان وي ذي‌حقان و بستگان دور و نزديكش را ياد نكند.»
مطهري بارها از هوش و حافظه سرشار مادر دچار شگفتي شده است‌. و مادر نيز در يك رؤياي صادقه در هنگام حمل او مژده تولد او را كه خدمات عظيمي به اسلام خواهد كرد در انتظار تعبير نشسته و آثار آن را نيز به زودي در وجود او دريافته است‌. تفاوت آشكار او با ديگر كودكان همسن و سال‌، گرايش او به نماز در سنين سه ـ چهار سالگي و عشق و علاقه وافر او به يادگيري‌، اولين نشانه‌هاي تعبير آن رؤياي صادقه بود. مرتضي اولين گامهاي آموزشي خود را به سوي مكتبخانه شيخ علي‌قلي و نيز نزد پدر برداشت و به يادگيري قرآن و خواندن و نوشتن پرداخت‌. او به سال 1313 و در سن پانزده سالگي براي ادامه تحصيل به مشهد مقدس شتافت و دو سال در مدرسه ابدال‌خان مشهد مقدمات علوم اسلامي را فراگرفت و در پي تخريب منزل پدري در فريمان توسط عمال رضاخاني مجبور به ترك مشهد و بازگشت به موطن شد و در فريمان و قلندرآباد با مطالعه كتب پدر روزگار گذراند.
«من هر چه مايه مطالعات تاريخي دارم‌، مربوط به همان دو سالي است كه از مشهد به فريمان‌برگشتم‌.»
او خود به تشريح اوضاع نابسامان آن سالها مي‌پردازد و مي‌نويسد :
«من كه بچه بودم در حدود سالهاي 1314 و 1315 در خراسان زندگي مي‌كردم‌. افرادي اگر يادشان بيايد و خصوصاً ـ بعد از قضايا ـ در منطقه خراسان بوده باشند، مي‌دانند كه در تمام خراسان‌، دو يا سه معمم‌ّ بيشتر پيدا نمي‌شد. پيرمردهاي هشتاد ساله و ملاهاي شصت يا هفتاد ساله‌، مجتهدها و مدرسها، همه كلاهي شده بودند.»
درِ تمام مدرسه‌هاي[ديني‌ ] بسته شده بود و تقريباً درِ مسجدها به يك معني بسته بود و هيچ كس به ظاهر باور نمي‌كرد كه دين و مذهب دوباره زنده شود.
«در آن هنگام كه پانزده ـ شانزده ساله بودم‌، درباره هر چيزي فكر مي‌كردم و راضي نمي‌شدم الاّ تحصيل علوم ديني‌. آن وقتها فكر نمي‌كردم كه با اين اوضاع و احوال اين چه فكري است ! .... به مشهد رفتم‌ . بعد دوباره به محل خودمان برگشتم‌. در آنجا هم وضع‌، سخت‌تر از جاهاي ديگر بود. پدرم را كه روحاني و پيرمردي هفتاد ـ هشتاد ساله بود، به زور كشيدند بردند و مكلاّيش كردند. او هم از پشت بام برگشت‌. و چون لباس [ روحانيت ] ‌ به تن مي‌كرد، از خانه بيرون نمي‌آمد. اما من پاهايم را در يك كفش كرده بودم كه بايد به قم بروم‌. در آن وقت قم‌، مختصر طلبه‌اي داشت كه حدود 400 نفر بودند. مادر ما اصرار داشت كه به قم نروم ، چون فكرهايي داشت‌ و مي‌خواست ما را نگه دارد . به همين جهت‌ ، دايي ما را كه خود اهل علم بود و ده بيست سالي از من بزرگتر بود ، مأمور كرد تا مرا از رفتن منصرف سازد . در سفري كه با هم رفتيم‌، هر چه او مي‌گفت ‌، من جواب منفي مي‌دادم‌... بياد دارم‌... در ميان آن همه استاد و عالم و مدرس كه در حوزة علميه مشهد بودند ، كسي كه بيشتر از همه در نظرم بزرگ جلوه مي‌كرد و دوست داشتم به چهره‌اش نگاه كنم و قيافه و حركاتش را زير نظر بگيرم ‌. و آرزو مي‌كردم كه روزي پاي درس او بنشينم آن مرد، مرحوم آقا ميرزا مهدي شهيدي رضوي بود كه در حوزة مشهد ، درس فلسفه الهي مي‌داد . اما آرزوي من برآورده نشد، زيرا استاد در همان سالها چشم از جهان فرو بست‌. ميرزا مهدي كه در همه حوزه عظيم و پررونق مشهد در آن وقت از نظر فضل و فضيلت‌، مانند ستاره مي‌درخشيد، استاد شرح منظومه و اسفار و كفايه بود، آن وقت سنين ميان سي و چهل را طي مي‌كرد، آن جوان در سال 1354 درگذشت و مشهد را عزادار ساخت‌.»
سرانجام مطهري در سال 1315 ـ چند ماه پس از ارتحال آيت‌الله حاج شيخ عبدالكريم حايري يزدي مؤسس حوزه علميه ـ وارد قم شد و در ضلع شمال شرقي در دالان شرقي مدرسه فيضيه مسكن گزيد. در بدو امر كتاب مطول را كه در معاني‌، بيان و بديع است نزد استاد خوش سخن آن روز حوزه شهيد آيت‌الله شيخ محمد صدوقي و شرح لمعه را نيز از محضر مرحوم آيت‌الله حاج آقا شهاب‌الدين نجفي مرعشي فرا گرفت‌.
«بعد از مهاجرت به قم گمشدة خويش را در شخصيتي ديگر يافتم‌ . همواره مرحوم «آقا ميرزامهدي شهيدي‌» را در اين شخصيت مي‌ديدم‌; به علاوه برخي امتيازهاي ديگري كه در اين شخصيت تازه بود ! فكر مي‌كردم كه روح تشنه‌ام از سرچشمه زلال اين شخصيت سيراب خواهد شد. اگرچه در آغاز مهاجرت به قم‌، از مقدمات فارغ نشده بودم و شايستگي ورود در «معقولات‌» را نداشتم‌، اما درس اخلاقي كه شخصيت محبوبم هر پنج‌شنبه و جمعه مي‌گفت‌، و در حقيقت درس معارف و سير و سلوك بود، نه اخلاق به مفهوم خشك علمي‌، مرا سرمست مي‌كرد. بدون اغراق و مبالغه‌اي‌، اين درس آن چنان مرا به وجد و شوق مي‌آورد كه تا دوشنبه و سه‌شنبه هفته بعد، خودم را به شدت تحت‌تأثير آن مي‌يافتم‌. بخش مهمي از شخصيت فكري و روحي من‌، در آن درس و سپس درسهاي ديگري كه طي دوازده سال از آن استاد الهي فرا گرفتم‌، ساخته شد، و من همواره خود را مديون او دانسته و مي‌دانم‌، راستي كه او روح قدس الهي بود!» 
و در توصيف مقام فقهي و علمي استادش در جايي گفته بود :
«اين طلبه‌ها قدر نمي‌دانند و روزي درس آيت‌الله خميني بسيار گل خواهد كرد. الآن دورادور، طلبه‌ها توجه دارند كه آيت‌الله خميني در مسائل هم عميق هستند و هم در بيان مسائل خوش‌بيان هستند.» 
استاد مطهري در طول دوران تلمذ از محضر امام به غير از درس اخلاق‌، فلسفه ملاصدرا و عرفان را نيز از آن حكيم‌الهي فرا گرفت و در درس منظومه او نيز شركت مي‌كرد و اسفار را نيز به‌طرز خصوصي از ايشان فرامي‌گرفت و افزون برآنها يك دوره خارج اصول را هم از محضر ايشان بهره‌مند شد مطهري در جاي ديگر از حضور خود به درس حكمت‌الهي در محضر امام خميني چنين يادكرده است‌:
«آن ايام‌، تازه با حكمت الهي اسلامي آشنا شده بودم و آن را نزد استادي كه‌... الهيات اسلامي را واقعاً چشيده و عميق‌ترين انديشه‌هاي آن را دريافته بود و با شيرين‌ترين بيان آنها را بازگو مي‌كرد، مي‌آموختم‌. لذت آن روزها و مخصوصاً بيانات عميق و لطيف و شيرين استاد از خاطره‌هاي فراموش ناشدني عمر من است‌.»
او در مورد شخصيت و ميزان توان و فراگيري مطالب علمي خود مي‌گويد :
«افراد از نظر استعداد و ياد گرفتن و فراگيري مطالب علمي بر دو گونه‌اند برخي در سنين جواني از قدرت فوق‌العاده‌اي برخوردارند و تا چند سال مي‌توانند به شدت بياموزند ولي وقتي به اصطلاح پا به سن مي‌گذارند، ديگرگويي استعداد آنها خشك مي‌شود و فقط به هر آنچه كه تا آن موقع آموخته‌اند اكتفا مي‌كنند و به اصطلاح از كيسه مي‌خورند. عموم افراد و دانشمندان از اين سنخ‌اند اما در مورد برخي مطلب طور ديگري است‌. يعني هميشه داراي قدرت فراگيري‌اند. من از اين دسته‌ام‌، من امروز بيشتر از گذشته در خودم آمادگي براي آموختن احساس مي‌كنم‌. من امروز دلم مي‌خواهد كه دائماً مطالعه كنم و بياموزم و تدريس كنم و بياموزانم‌. يكي از تفضلات الهي اين است كه در حالي كه بسياري از دانشمندان اهل نظر هر چند سال يك بار در نظريات خود تجديد نظر مي‌كنند و به اصطلاح تغيير رأي مي‌دهند و گاه تا آخر عمر به چندين عقيده متناوب و متضاد گرايش پيدا مي‌كنند، من از ابتداي جواني تا حال‌، حتي يك سطر هم ننوشته‌ام كه بعداً ببينم غلط بوده است‌. بحمدالله هر چه از همان روزهاي اول تا حالا نوشته‌ام و انديشيده‌ام‌، هنوز هم بر همان عقيده‌ام‌. گاه به نوشته‌هاي سي سال پيش خودم نگاه مي‌كنم‌، مي‌بينم كه البته تكامل پيدا كرده يعني نظري اجمالي داشته‌ام كه اكنون آن را تفصيل داده‌ام و پخته‌تر شده‌; يا يك دليل براي مطالبي داشته‌ام به دليل و دلايل ديگر رسيده‌ام‌; ولي اين طور نيست كه ببينم چيزي گفته‌ام يا نوشته‌ام كه اكنون به آن معتقد نيستم و نظرم چيز ديگري است‌. من اين را يكي از الطاف بزرگ الهي به خودم مي‌دانم‌.»
و كساني كه از نزديك با او محشور بوده و خدمات علمي گسترده او را ديده و به شخصيت علمي و روحيات معنوي وي آشنايي داشته‌اند، او را به صفاتي چون جامعيت‌، حضور در صحنه‌هاي سياسي‌، نشر آثار گسترده و ابداع در تدوين‌، نثر روان‌، روح لطيف و شعر شناس‌، اهتمام فراوان به قرآن و نهج‌البلاغه‌، شناخت دقيق سيره نبوي اطلاع از احوال عالمان پيشين‌، شناخت تحليلي از تاريخ اسلام‌، خوي علمي‌، عبادت و تهجد، حريت فكري و شناخت مباحث اقتصادي زمان ستوده‌اند. بروز شخصيت علمي او به گونه‌اي بود كه در يكي از معدود ملاقاتهاي او با آيت‌الله خويي معظم‌له او را بحر موّاج ناميد. و بعضاً از او چنين ياد كرده‌اند :  
«مطهري از دور به منطق شبيه بود (خيلي آهنين‌) از ميانه راه به فلسفه و حكمت شبيه مي‌شد، و اما از نزديك عين عرفان بود!»
آثار گسترده او در طرح و بحث موضوعات مختلف خود گواه اين نقش بياد ماندني است‌. او خود در زمينه آثار قلمي خويش چنين مي‌نويسد :
«.... اين بنده از حدود بيست سال پيش ]1332 شمسي‌[ كه قلم به دست گرفته‌، مقاله يا كتاب نوشته‌ام‌، تنها چيزي كه در همة نوشته‌هايم آن را هدف قرار داده‌ام حل مشكلات و پاسخگويي به سؤالاتي است كه در زمينة مسائل اسلامي در عصر ما مطرح است ‌. نوشته‌هاي اين بنده‌، برخي فلسفي‌، برخي اجتماعي‌، برخي اخلاقي‌، برخي فقهي و برخي تاريخي است‌. بااينكه موضوعات اين نوشته‌ها كاملاً با يكديگر مغاير است‌، هدف كلي از همة اينها يك چيز بوده و بس‌. دين مقدس اسلام يك دين ناشناخته است‌. حقايق اين دين تدريجاً در نظر مردم‌، واژگونه شده است‌، و علت اساسي گريز گروهي از مردم‌، تعليمات غلطي است كه به اين نام داده مي‌شود. اين دين مقدس در حال حاضر بيش از هر چيز ديگر از ناحية برخي از كساني كه مدعي حمايت از آن هستند ضربه و صدمه مي‌بيند. هجوم استعمار غربي با عوامل مرئي و نامرئيش از يك طرف‌، و قصور يا تقصير بسياري از مدعيان حمايت از اسلام در اين عصر از طرف ديگر، سبب شده كه انديشه‌هاي اسلامي در زمينه‌هاي مختلف‌، از اصول گرفته تا فروع‌، مورد هجوم قرار گيرد. بدين سبب اين بنده وظيفة خود ديده است كه در حدود توانايي در اين ميدان انجام وظيفه نمايد. ...اين بنده هرگز مدعي نيست كه موضوعاتي كه خودش انتخاب كرده و دربارة آنها قلمفرسايي كرده است لازمترين موضوعات بوده است‌ ، تنها چيزي كه ادعا دارد اين است كه به حسب تشخيص خودش از اين اصل‌، تجاوز نكرده كه تا حدي كه برايش مقدور است در مسائل اسلامي «عقده گشايي‌» كند و حتي‌الامكان حقايق اسلامي را آن چنان كه هست ارائه دهد ، فرضاً نمي‌تواند جلو انحرافات عملي را بگيرد، باري حتي‌الامكان با انحرافات فكري مبارزه كند و مخصوصاً مسائلي را كه دستاويز مخالفان اسلام است روشن كند، و در اين جهت «الاهَم‌ُّ فالاهَم‌ُّ» را لااقل به تشخيص خود ـ رعايت كرده است‌...» 
پس از اندي كفايه‌الاصول را نزد مرحوم آيت‌الله سيدمحمد محقق داماد و خارج فقه و اصول را نيز در محضر آيات‌الله سيدمحمد حجت كوه‌كمره‌اي و سيدمحمدتقي خوانساري آغاز كرد و به سال 1319 به درس خارج امام خميني (ره‌) كه خود بنيانش را نهاده بود راه يافت و به گفته خويش دوازده سال از خرمن فياض آن انسان كامل بهره خاص برد.
از سالهاي اقامت او در قم خاطرات فراواني توسط دوستان و مراودين او نقل شده است : از آن جمله اهتمام وافر او به تزكيه نفس و تهجد و نماز شب و استفاده از وقت‌، او حتي در حجره را از بيرون مي‌بست و از پنجره داخل مي‌شد ! كه اگر كسي نزديك حجره آمد خيال كند كه كسي در حجره نيست تا به تلاش علمي‌اش بيفزايد و از فرصتها حداكثر استفاده را ببرد . به گونه‌اي كه حجرة واقع در طبقه فوقاني مدرسه فيضيه سالها، كانون توجه و زبانزد طلاب و استادان حوزه شد و آمد و رفت استادان و مدرسان بنام حوزه به ويژه استاد بزرگ آن زمان حضرت آيت‌الله خميني نظر همه را به خود جلب مي‌كرد.
 در تابستان سال 1322 مطهري آوازه حضور فقيه اهل بيت مرحوم آيت‌الله بروجردي را كه در بروجرد ساكن بود، شنيد بدان ديار شتافت و به استفاده از محضر پرفيض او روي آورد و سال ديگر را نيز بدين منوال به بروجرد سفر كرد و با شيوة علمي او بيشتر آشنا شد و اين آشنايي به صورتي شد كه وقتي آيت‌الله بروجردي با تلاش علماي وقت از جمله حضرت امام رحل اقامت در قم افكند. مطهري از ملتزمين ركاب علمي او گرديد. به گونه‌اي كه اگر روزي او در درس حاضر نمي‌شد استاد در ميان خيل شاگردان غيبت او را حس مي‌نمود و حتي نقل است كه روزي آيت‌الله بروجردي از گذر معروف «خان‌» براي تدريس به طرف صحن مطهر، حضرت معصومه (س‌) مي‌رفت از دور ملاحظه كرد كه استاد مطهري به طرف ديگري مي‌رود، بلافاصله از اطرافيان سؤال كردند آقاي مطهري كجا مي‌رود الان وقت درس است‌.
در سالهاي اوليه اقامت او در قم مرحوم آقاي نجفي قوچاني روحاني مبارز عصر مشروطه هرگاه به قم مشرف مي‌شد به اعتبار سابقة ديرينه‌اي كه با رفيق سرخسي خود ـ پدر استاد مطهري ـ داشت به حجرة او وارد مي‌شد. و اين مجالست نيز بر او اثري بس نيكو مي‌گذارد .
استاد مطهري در خصوص آشنايي با مكاتب مادي جديد مي گويند :
«تحصيل رسمي علوم عقلي را از سال 23 شمسي آغاز كردم‌. اين ميل را هميشه در خود احساس مي‌كردم كه با منطق و انديشه ماديين از نزديك آشنا گردم و آرا و عقايد آنها را در كتب خودشان بخوانم‌. دقيقاً يادم نيست‌، شايد در سال 25 بود كه با برخي كتب ماديين كه از طرف حزب توده ايران به زبان فارسي منتشر مي‌شد و يا به زبان عربي‌27 در مصر مثلاً منتشر شده بود آشنا شدم‌. كتابهاي دكتر تقي اراني را هر چه مي‌يافتم به دقت مي‌خواندم و چون در آن وقت به علت آشنا نبودن با اصطلاحات فلسفي جديد، فهم مطالب آنها بر من دشوار بود، مكرر مي‌خواندم و يادداشت برمي‌داشتم و به كتب مختلف مراجعه مي‌كردم‌، بعضي از كتابهاي اراني را آن قدر مكرر خوانده بودم كه جمله‌ها در ذهنم نقش بسته بود...»
علامه سيد محمدحسين طباطبائي (ره‌) در سال 1325 به قم مهاجرت كرد و در قم گوشه انزوا طلبيده و تنها به بحث مختصري در زمينه فلسفه اكتفا كرده بود. در اين زمان مطهري نيز در طبقه فوقاني مدرسه فيضيه مطول تفتازاني را كه از استادش‌، شهيد صدوقي فرا گرفته بود تدريس مي‌كرد و چون ادبياتش مورد ستايش بود، درسش نيز مورد استقبال قرار گرفت‌. و بعدها شرح مطالع در منطق و شرح تجريد در علم كلام و رسايل و كفايه در علم اصول و مكاسب در فقه و شرح منظومه و اسفار در حكمت را نيز تدريس كرد. به گونه‌اي كه از اساتيد برجسته حوزه به شمار مي‌رفت‌. در قبال پيشنهاد يكي از دوستانش مبني بر شركت در درس شفاي بوعلي كه توسط علامه طباطبائي آغاز شده بود با بي‌اعتنايي‌، مي‌گويد : «تدريس كتاب شفا از عهدة هر كسي برنمي‌آيد. اين آقا هم گمان نمي‌كنم بتواند «شفا» را درس بدهد.» اما با اصرار دوستش در سال 1329 به درس علامه مي‌رود و در همان جلسه اول مجذوب او مي‌شود و بعدها مي‌گويد : علامه صاحب كشف و شهود است و خيلي از مسائل را از طريق كشف به دست مي‌آورد. و علاوه بر شركت در درس عمومي علامه طالب فيض بيشتر شده و در جلسه درس خصوصي ديگر استاد نيز كه شبهاي پنج‌شنبه و جمعه تشكيل مي‌شد شركت مي‌جويد كه حاصل اين درس پر بركت تدوين كتاب ارزشمند اصول فلسفه و روش رئاليسم است‌. و اين جداي از شركت در جلسه تفسير قرآن بود كه در آن روزگار مرسوم نبود و حاصل آن جلسات هم كتاب تفسير الميزان بود كه به تعبير استاد مطهري :
«بيشتر مطالب اين كتاب را علامه در حالت الهام مانند نوشته‌اند. و اصولاً بيشتر مطالبي را كه در كتابها و نوشته‌هاي خودم دارم ريشه‌هايش را از علامه طباطبائي و خصوصاً از الميزان گرفته‌ام‌.»
و البته اين ارادت به علامه ـ كه بعدها در پي ذكر نامش كلمه روحي فداه را مي‌افزود ـ مانع از آن نبود كه به نقد نظريات استاد بپردازد و با صراحت بگويد كه من اين مطلب را از علامه طباطبائي نمي‌پذيرم و در اينجا نظر خودم چنين است‌.
حضور استاد مطهري در درس استاد علامه طباطبايي (رض‌) حضوري عالمانه و بسيار مفيد و سازنده بود و دقت و هوش و زيركي او نه تنها حاضران را به وجد و حال مي‌آورد بلكه خود استاد علامه و آن نابغة عظيم را آن چنان بر سر شوق مي‌آورد كه مي‌گويد :
«... مخصوصاً مرحوم مطهري يك هوش فوق‌العاده‌اي داشت و حرف از او ضايع نمي‌شد. حرفي كه مي‌گفتيم مي‌گرفت و به مغزش مي‌رسيد. علاوه بر مسأله تقوا و انسانيت و جهات اخلاقي ـ كه انصافاً داشت‌. يك هوش فراواني هم داشت و هر چه مي‌گفتيم هدر نمي‌رفت‌، مطمئن بودم كه هدر نمي‌رود. اين عبارت‌، عبارت خوبي نيست‌، بنده وقتي كه ايشان به درسم مي‌آمدند حالت رقص پيدا مي‌كردم از شوق و شعف‌، به جهت اينكه انسان مي‌داند هر چه بگويد هدر نمي‌رود و محفوظ است‌...»
تابستان سال 1331 به مشهد مقدس مشرف مي‌شود و سپس راهي فريمان‌ . پس از مشورت با والدين با دختر آيت‌الله روحاني كه از علماي وارسته خراسان بود ازدواج نموده‌، به اتفاق همسر جوان خود به قم باز مي‌گردد. و در خانه‌اي اجاره‌اي و با فروش كتاب و شهريه خيلي ناچيز زندگي جديدي را آغاز مي‌كنند.
حمايتهاي بي‌دريغ او از استاد فرزانه‌اش كه طرح اصلاحي براي سامان دادن به سازمان روحانيت را ارائه كرده بود كه البته از بد روزگار با شكست مواجه شده بود و فقر شديد حاكم بر زندگي‌، استاد را مجبور به جلاي موطن مألوف علمي و تحقيقي خود كرد. او خود نزدِ يكي از دوستانش چنين درد دل كرده است :
«براثر شكست طرح آقاي خميني براي اصلاح حوزه كه من هم از فعالان آن و شاگرد ايشان بودم‌، از اطرافيان آيت‌الله بروجردي ضربه خوردم‌. اطرافيان‌، طوري مرا از نظر آقاي بروجردي انداخته بودند كه هر چه كردم مرا احضار كند تا حضوراً عرايضم را عرض كنم‌، نتيجه‌اي نگرفتم‌. حتي روزي نامه‌اي نوشته و در آن عرض كرده بودم در كجاي دنيا رسم است كه درباره كسي حكم غيابي صادر كنند؟ چيزهايي كه به شما گفته‌اند، بنده را احضار كنيد كه توضيح بدهم تا رفع هرگونه سوءتفاهم شود. نامه را دادم به آقاي منتظري كه هم مباحثه بوديم و نزد آيت‌الله بروجردي آمد و رفت داشت و گفتم در يك فرصت مناسب به دست ايشان بدهد. آقاي منتظري گفت : «دادم نگرفت‌» ناچار به تهران آمدم‌... علت بيرون آمدنم از حوزه اين بود و از آن موقع تاكنون به جرم ارادت به آقاي خميني نزد خودي و بيگانه صدمه ديده‌ام و مي‌بينم‌. تا وضع ما روحانيان و آقايان مراجع چنين باشد. اين قضايا هم هست بايد تحول اساسي در حوزه به وجود بيايد كه چهار نفر كم مايه نتوانند اين طور با سرنوشت افراد بازي كنند و سد راه خدمات ارزنده به اسلام و مسلمين باشند.»
پس از ورود به تهران در امتحانات اولين دورة مدرسي معقول و منقول شركت كرد . آيت الله جوادي آملي در اين خصوص ، چنين مي گويند :
«وقتي ايشان از قم به تهران آمدند در اولين دورة امتحانات مدرسي معقول و منقول شركت كردند ... مصلحت الهي هر چه بود خدا خواست كه ايشان بتواند جامع بين حوزه و دانشگاه باشند، رابطي باشند كه قديم و جديد را وصل كنند، دانشگاه و فيضيه را به هم متصل كنند، وقتي ايشان از تهران به قم آمدند... و آمدند در حجره و تعريف كردند، گفتند كه در جلسة امتحان‌، ممتحنين چه مسئله فلسفي از من پرسيدند، ديگران چه جواب دادند و من چه جواب دادم‌، گفتند هيئت ممتحنه به اتفاق گفتند چه كنيم نمره‌اي بالاتر از بيست نيست‌، و اگر نمره‌اي بالاتر از بيست بود به شما مي‌داديم‌، در رشته معقول و فلسفه شاگرد اول شدند و نمرة بيست را گرفتند.»
با ورود به تهران ابتدا در مدرسه مروي به تدريس شرح منظومه‌، شرح اشارات و شفا رو آورد و حدود بيست سال در اين مدرسه به تربيت طلاب و محققين علوم و فرهنگ اسلامي توفيق يافت‌. اولين اثر علمي او نيز در سال 1332 با نام اصول فلسفه و روش رئاليسم شكل گرفت كتابي كه به تعبير علامه طباطبائي :
«مجملات‌... و مقاله‌هاي فشرده بود و ما مي‌خواستيم باز شود مطلب روشن شود و كسي كه اين معني را بتواند برعهده بگيرد مرحوم آقاي مطهري بود. شروع كرد و به بهترين وجهي هم از عهده برآمد. اين است كه ما دو دستي به او مي‌داديم كه حل كند و حل هم كرد. آن مقداري كه نوشته قابل توجه است و خودش هم صاحب نظر بود.»
به سال 1333 آغاز تدريس آزمايشي او بود كه خوش درخشيد و سرمنشأ خيرات و بركات فراواني براي عرصه اصول فلسفه و معارف اسلامي شد.
مقالات او در مجلات و نشريات توجه هر خواننده‌اي را به خود جلب مي‌كرد از آن جمله همكاري او در نشريه وزين مكتب تشيع كه در آن روزگار به همت چند طلبه آگاه و مبارز راه‌اندازي شده بود و البته براثر فشار رژيم دوام نياورد و عمري كوتاه داشت‌.
نقل است كه او براي هر جلسه تدريس و منبر خود ساعتها مطالعه مي‌كرد و اگر ندرتاً موفق به مطالعه نمي‌شد در آن روز بر كرسي تدريس نمي‌نشست و يا از پله منبر بالا نمي‌رفت‌. اولين جلسه تفسير قرآن او نيز در همان سالهاي اوليه ورود او به تهران و در انجمن اسلامي دانشجويان آغاز شد.
از سال 1337 با شركت در جلسات انجمن اسلامي پزشكان و ايراد بحثهاي اعتقادي حساس‌، به پاسخگويي نسل تحصيل كرده توفيق يافت و از اين ره‌گذر و در طول بيست سال موضوعاتي چون توحيد، نبوت‌، معاد، مسأله حجاب‌، بردگي از نظر اسلام‌، صلح امام حسن (ع‌)، امام صادق (ع‌) مسأله خلافت‌، مسأله ولايتعهدي امام رضا(ع‌)، پرورش جسم و استعداد عقلاني‌، عوامل تربيت اسلامي‌، فطرت‌، ربا، بانك و بيمه و... را در آن انجمن به بحث گذاشته‌، به پرورش نفوس مستعده در آن جمع همت گماشت‌. در عين تدريس اسفار و ارائه بحثهاي كلامي كلان در پي اطلاع از نياز جوانان و نوجوانان در سال 1339 جلد اول داستان راستان را منتشر كرد و جلد دوم آن نيز در سال 43 با استقبال مواجه شد و بعدها نيز از طرف يونسكو نيز جايزه‌اي بدان تعلق گرفت‌. 
همزمان با تحصيل در ايام تبليغي به همراه ساير همراهان دست به سفرهاي تبليغي زده راهي مناطق مختلف كشور مي‌شد. سفر به اراك‌، همدان‌، اصفهان و نجف‌آباد از آن جمله بود. آيت‌الله شهيد دكتر بهشتي در اين زمينه مي‌گويد :
«يك خاطره‌... مربوط به سال 1326... در يكي از روزهاي ميلاد يكي از ائمه در ماه رجب يا شعبان دقيقاً به خاطر ندارم در حجره يكي از دوستانمان آقاي ايزدي نجف‌آبادي امام جمعة نجف‌آباد مهمان بوديم در آن روز صحبت از اين رفت كه بايد روحانيت براي مؤثر واقع‌تر شدن خودش تلاش كند سه نفري با هم صحبت كرديم و گفتيم خوب است ماه رمضان امسال ـ كه در تابستان هم بود ـ بلند شويم برويم و به محرومين و دور افتاده‌ترين نقاط كشور براي رساندن پيام اسلام به آن مردمي كه كمتر كسي سراغشان مي‌رود، فكر مورد قبول قرار گرفت و در آن سال 18 نفري به اطراف رفتيم و قرار شد نفري صد تومان بدهيم و چون غالباً نفري صد تومان را نداشتيم مرحوم آقاي بروجردي كه بوسيله امام خميني در جريان اين برنامه قرار گرفته بودند اين خرج سفر را تأمين كردند. قرار شد برويم اگر جايي هم نبود ـ چون تابستان بود ـ با همان عباي خودمان هر جا كه شد بخوابيم و خوراك هم خودمان تهيه كنيم به طوري كه آزاد بتوانيم فعاليت تبليغي داشته باشيم‌. اين سفر با موفقيت انجام گرفت و در بازگشت از اين سفر در اول شهريور 1326 نشستيم و يك برنامه مطالعاتي مناسب با اين سفرها تنظيم كرديم و 18 نفر به گروههاي سه نفري تقسيم شدند و هر گروهي يك يا دو رشته را انتخاب كردند و شروع به كار كردند. آقاي مطهري‌... و من سه نفري در گروه اسلام و ماترياليسم و ماديگري در اسلام وارد مطالعه شديم‌... زمينه بحثمان كتابي بود به نام «علي‌اطلال مذهب‌المادي‌» (بر ويرانه‌هاي ماديگري‌) كه نويسنده آن فريد وجدي بود، كه كتاب جالبي به زبان عربي بود.»
تابستان سال 1326 كه براي زيارت پدر و مادر به فريمان مي‌رود از حسن اتفاق‌، استاد محبوبش آيت‌الله خميني نيز به مشهد مشرف مي‌شود و اين بهانه‌اي مي‌شود كه وي را به فريمان دعوت كند و چند روزي در خانه پدري از استاد عزيز خود پذيرايي كرده و محبت قلبي خويش را به او بيش از پيش بنماياند.
در سال 1345 ابراهيم مهدوي در مجله زن روز مطالبي در مورد حجاب و زن نوشت كه استاد بدون پروا از اينكه ديگران چه خواهند نوشت و چه خواهند گفت با انتشار يك سلسله مقالات در همان مجله پاسخ ياوه‌گوييهاي آن فرد را داد و بعدها همان مقالات را با عنوان «نظام حقوق زن در اسلام‌» منتشر كرد كه بسيار مورد استقبال قرار گرفت‌. استاد خود در شأن نزول نشر اين كتاب مي‌نويسد :
«... آنچه اكنون از نظر خوانندة محترم مي‌گذرد مجموع مقالاتي است كه به مناسبت خاصي‌، اين بنده در سالهاي 45 ـ 46 در مجلة «زن روز» تحت عنوان «زن در حقوق اسلامي‌» نشر داد و توجه فراواني جلب كرد. براي افرادي كه سابقة كار را نمي‌دانند و در آن اوقات در جريان نبودند و اكنون مي‌شنوند كه اين مقالات در آن مجله‌، اولين بار نشر يافته است‌، قطعاً موجب شگفتي خواهد بود كه چگونه اين بنده آن مجله را براي اين سلسله مقالات انتخاب كردم و چگونه آن مجله حاضر شد بدون هيچ دخل و تصرفي اين مقالات را چاپ كند. از اين رو لازم مي‌دانم «شأن نزول‌» اين مقالات را بيان نمايم‌. در سال 45 تب تعويض قوانين مدني در مورد حقوق خانوادگي‌، در سطح مجلات‌، خصوصاً مجلات زنانه سخت بالا گرفت و نظر به اينكه بسياري از پيشنهادهايي كه مي‌شد بر ضد نصوص مسلم قرآن بود، طبعاً ناراحتيهايي در ميان مسلمانان ايران به وجود آورد. در اين ميان‌، قاضي فقيد ابراهيم مهدوي زنجاني‌، عفي‌الله عنه‌، بيش از همه گردوخاك مي‌كرد و حرارت به خرج مي‌داد. مشاراليه لايحه‌اي در چهل ماده به همين منظور تنظيم كرد و در مجلة فوق‌الذكر چاپ نمود. ...من قبلاً ضمن مطالعات خود دربارة حقوق زن‌، كتابي از مهدوي فقيد در اين موضوعات خوانده بودم و مدتها بود كه به منطق او و امثال او آشنا بودم‌. به علاوه‌، سالها بود كه حقوق زن در اسلام مورد علاقة شديد من بود و يادداشتهاي زيادي در اين زمينه تهيه كرده و آماده بودم‌. مقالات مهدوي فقيد چاپ شد و اين مقالات نيز رو در روي آنها قرار گرفت‌. طبعاً من از موضوعي شروع كردم كه مشاراليه بحث خود را شروع كرده بود. درج اين سلسله مقالات مشاراليه را در مشكل سختي قرار داد، ولي شش هفته بيشتر طول نكشيد كه با سكتة قلبي درگذشت و براي هميشه از پاسخگويي راحت شد !در آن شش هفته اين سلسله مقالات جاي خود را باز كرد. علاقه‌مندان هم از من و هم از مجله تقاضا كردند كه اين سلسله مقالات مستقلاً ادامه يابد. با اين تقاضا موافقت شد و تا 33 مقاله ادامه يافت‌. اين بود «شأن نزول‌» اين مقالات‌...»
يكي از دوستان استاد در مورد نشر مقاله در زن روز مي‌گويد :
«مرحوم مطهري هوادار بحث و گفتگو با هر گروه و فرقه‌اي بود. خوب به خاطر دارم كه با وجود مخالفت شديد بسياري از دوستان خود، در مجله «زن روز» آن ايام كه صفحات «بر سر چهارراه‌» آن زشت‌ترين و بي‌شرمانه‌ترين راهنمايي‌ها را به دختران و زنان ايران مي‌كرد، مقالاتي مي‌نوشت و معتقد بود كه بايد دلايل و مطالب ما در مجله خود آنها هم منتشر شود تا آنها بدانند كه ما چه مي‌گوئيم‌. در پاسخ اعتراض من در همين زمينه كه مي‌گفتم : «مقالات شما باعث مي‌شود پاي «زن روز» به خانه‌هاي مسلمانان هم باز شود و موجب فساد دختران جوان گردد ايشان گفتند: اگر خانواده‌اي مسلمان با خواندن چند شماره «زن روز» فاسد، فاسد بشوند بايد در تربيت آنها كوشيد ولي بايد توجه داشت كه زن روز قبل از نشر مقالات من در تيراژي بالاي صد هزار منتشر مي‌شد يعني در صد هزار خانواده ايراني و اغلب مسلمان راه دارد و من با نوشتن مقالاتي در اين مجله‌، حرفهاي خودمان را به ميان صد هزار خانواده‌اي مي‌برم كه به مسجد و حسينيه نمي‌آيند. قرآن مجيد درباره مشركين مي‌فرمايد : «لم يكن الذين كفروا من اهل الكتاب منفكين حتي تأتيهم البيّنه‌» اين آيه علاوه بر تفاسيري كه شده‌، معني جالبي هم دارد و آن اين است كه تا شما براي مشركين دليل و برهان نياوريد و با آنها به بحث آزاد ننشينيد، دست از كار و راه خود برنمي‌دارند و اين خود دليل روشني است كه قرآن به انديشه و گفتگوي همراه با دليل و برهان‌، اهميت مي‌دهد و آن را جدّي تلقي مي‌كند و در واقع طرح كردن يك موضوع به طريق استدلالي و منطقي‌، به تعبير قرآن مي‌تواند در جهت دادن به زندگي انسان و تغيير مسير و كيفيت آن‌، عامل سازنده و اصلي باشد.»
... شاه گفته بود كه اساتيد دانشگاه جمع بشوند و راجع به مواد انقلاب سفيد نظرياتي بدهند و اگر انتقاداتي دارند بكنند، و در همين رابطه هم آقاي مطهري را دعوت كرده بودند و نامه تهديدآميز بود كه اگر نياييد چنين و چنان مي‌شود، و ايشان گفتند من نمي‌روم هر چه مي‌خواهد بشود. با شروع نهضت روحانيت در سال 41 به رهبري امام خميني مطهري نيز از جان و دل به تقويت مواضع رهبر و مراد و استاد خود پرداخت و بهاي آن را نيز در شب عاشوراي سال 42 و پس از بازگشت از سخنراني در خيابان پيروزي پرداخت و به اسارت عوامل رژيم شاه درآمد. همسر استاد مي‌گويد :
«شب عاشورايي بود كه ايشان سخنراني عجيبي كرده بودند و به منبريها گفته بودند كه بايد واقعيت را بگوييد و در مقابل هر نوع حادثه و گرفتاري بايستيد بعد از سخنراني بود كه نيم ساعت بعد از نيمه شب ايشان به منزل آمدند. منزل ما يك حياط 100 متري در كوچه دردار بود آن روز بچه‌اي دوماهه نيز داشتم ايشان طبق معمول كه يك ذرّه پنير يا كره مي‌خوردند همان شام مختصر را از من طلب كردند و من رفتم شام بياورم‌. در زدند و استاد براي باز كردن در به در حياط رفتند. آنها دائم مطهري را مي‌كشيدند و ايشان مي‌خواستند لباس عوض كنند ولي اجازه نمي‌دادند. من آمدم جلو ايشان به من گفتند : «لباسهاي مرا بياور» در جيب قباي ايشان پُر بود از اعلاميه و دفتر تلفن و مدارك من فوراً رفتم و قباي ديگري براي ايشان آوردم‌. آن شب ايشان را دستگير كردند و نزديك به دو ماه زنداني بودند. وقتي آزاد شدند در اولين ديدار با من‌، خنديدند و گفتند : اگر كار تو نبود و آن قبا را عوض نكرده بودي رازهاي ما كشف شده بود. تو خيلي زرنگي كردي‌.»
پاكروان رئيس وقت ساواك‌، در مورد بازداشت استاد، خطاب به دادستان ارتش مي‌نويسد :
«مرتضي مطهري فرزند محمد حسين‌... در تاريخ 15/3/42 به اتهام اقدام بر ضد امنيت داخلي مملكت دستگير و در حال حاضر در زندان شهرباني كل كشور بازداشت مي‌باشد. عليهذا خواهشمند است دستور فرماييد نسبت به صدور قرار بازداشت مشاراليه اقدام مقتضي معمول و نتيجه را به اين سازمان اعلام نمايند.»
عليرغم جو موجود، تنگي جا در زندان و شرايط غيرقابل تحمل فضاي حاكم بر بازداشتگاه 65 زنداني كه همه از علما و مبلغان برجسته كشور بودند روزگار را بر خود تنگ نكرده و با تشكيل نشست‌هاي دوستانه علمي و فكاهي اوقات زندان را برخود گوارا مي‌نمودند. سرانجام فشار مردم و مهاجرت علماي درجه اول بلاد ايران به تهران سبب شد كه روحانيون زنداني پس از تحمل 43 روز حبس از زندان آزاد گردند . استاد مطهري در تقويم روز 26 تير ماه سال 42 خويش مي‌نويسد :
«در اين روز در حدود ساعت 6 بعد از ظهر، از زندان موقت شهرباني آزاد شديم و... اللهم اختم لنا بالخير والعافية و السلامة و البركة‌»
مشاركت او در شكل‌گيري هيئت‌هاي مؤتلفه كه در آن روزگار نقش چشمگيري در سازماندهي تظاهرات و فعاليتهاي سياسي و پخش اعلاميه‌هاي امام در سراسر كشور را داشت قابل توجه است و به فرمان رهبري نهضت استاد مطهري به همراه دكتر بهشتي و حجج اسلام انواري و مولايي و غفوري شوراي فقهاي مؤتلفه را تشكيل داده و در تدوين ايدئولوژي گروه نقش اساسي را ايفا مي‌نمايند. كتاب با ارزش «انسان و سرنوشت‌» او محصول تدريس در اين جمع است‌.
آيت‌الله انواري از مبارزان قديمي از شكل‌گيري مؤتلفه و نقش اساسي استاد و مخالفت او با مبارزه نظامي تهي از آموزش ايدئولوژيك چنين مي‌گويد :
«در رأس كساني كه به اين جمعيت كمك مي‌كردند، در درجة اول امام خميني بودند و بعد از ايشان هم آيت‌الله ميلاني كه در آن روزگار همكاري مي‌كردند. كار شوراي روحانيت اين بود كه اگر مطالبي يا دستوري از بالا ـ يعني امام ـ مي‌رسيد، آن را منعكس مي‌كردند تا از ارگانهاي پايين اجرا كنند. اگر هم چيزي به نظر شورا مي‌رسيد، به بالا پيشنهاد مي‌كرد. همچنين اگر از كميتة مركزي پيشنهاد مي‌شد، به شورا مي‌آمد و پس از بررسي به بالا ارائه مي‌شد. يكي از وظايف شوراي روحانيت‌، تهية خوراك فكري براي جوانها بود. من خوب يادم است كه در آن روزگار چند جزوه تهيه شده بود كه يكي از آنها نوشتة شهيد استاد مطهري بود كه تايپ شده بود و آن را به حوزه‌ها داده بودند كه تدريس مي‌كردند. بعدها كه ما زنداني شديم‌، اين كتاب چاپ شد. اواخر سال 43، بعد از جريان كاپيتولاسيون‌، امام خميني را به تركيه تبعيد كردند. در اين حال‌، هيئتهاي مؤتلفه به فكر افتادند كه از صورت فعاليت تعليمي و ايدئولوژيكي بيرون آيند و به صورت سازماني سياسي ـ نظامي وارد كار شوند. در آن روزگار بنده با اين كار موافق بودم‌. بعضي از دوستان هم موافق بودند، به اين شرط كه به نام ما تمام نشود. بعضي هم با اين كار واقعاً مخالفت مي‌كردند. من اعتراف مي‌كنم كه نظر استاد مطهري نظر جالبي بود. ايشان مي‌گفتند : ما هنوز يك ايدئولوژي صحيح و مدون ارائه نداده‌ايم و جوانهاي خود را آموزش اسلامي نداده‌ايم و مفاهيم را روشن نكرده‌ايم‌. اينها كه در حال حاضر با عصاي احساسات پيش مي‌روند و اطلاعاتشان دربارة اسلام كم و ضعيف است‌، فردا كه ما اين كار را شروع كنيم‌، اگر تحت تأثير نيروهاي الحادي قرار بگيرند، ما كه آمده‌ايم اسلامي كنيم و جوانهاي خود را با اسلام آشنا كنيم و اهداف اسلامي را پيش ببريم‌، نتيجة عكس مي‌گيريم‌; چرا كه بچه‌هاي خود را به دست نيروهاي الحادي و كمونيستها داده‌ايم‌. البته در آن وقت‌، دست كم من متوجه اين مسئله نبودم‌. شايد جوانتر بودم و ايشان دورانديش‌تر بودند و عميقتر فكر مي‌كردند. اين مطلبي بود كه بعدها به آن رسيدم و احساس كردم كه حق به جانب ايشان بود.»
بنيان نهادن حسينيه ارشاد در سال 1346 نيز از جمله شيوه‌هاي نوين مبارزه فرهنگي او در اوج غربت دين و دينداري بود كه البته براي او پايان غم‌انگيزي داشت و در پي برخي خودسريهاي مدير داخلي حسينيه ارشاد، استاد مطهري در سال 1349 مجبور به ترك حسينيه گرديد.
مطهري در اوج اختناق حاكم بر كشور در پاسخ مراجعين براي امر تقليد همگان را به تقليد از آيت‌الله خميني ارجاع مي‌داد و در جايي گفته بود :
«ايشان از لحاظ علمي ابتكاراتي در فقه دارند كه مخصوص خودشان است‌... و اگر تا ده سال ديگر خداوند اين آقا را زنده نگه دارد، تحولي در ايران به وجود خواهد آمد.»
و يا در پاسخ ديگري گفته بود :
«در درجه اول آقاي خميني‌. به نظر من در بودن آقاي خميني بي‌انصافي است كه از كس ديگري تقليد كنيد... تقليد از حاج آقا روح‌الله لذت ديگري دارد.»
استاد مطهري در سال 1347 از سوي امام خميني اجازه در امور حسبيه شرعيه را دريافت نمود . در متن اين اجازه نامه آمده است :
« و بعد، جناب مستطاب عماد العلمأالاعلام و حجت‌الاسلام آقاي حاج شيخ مرتضي مطهري ـ دامت افاضاته ـ مجازند در امور حسبيه و شرعيه كه در عصر غيبت ولي امر ـ عجل‌الله تعالي فرجه ـ از مختصات فقيه جامع‌الشرايط و منوط به اذن اوست : «فله‌التصدي لما ذكر مع مراعاة الاحتياط» و نيز مجازند در اخذ سهم مبارك امام ـ عليه‌السلام ـ و صرف نصف آن را در مواردي كه براي علو اسلام و ترويج احكام مقدسه و تشييد مباني دين حنيف مفيد است و ايصال نصف ديگر را نزد حقير براي صرف در حوزه‌هاي مهمه اسلاميه‌. و وكيل هستند در دستگردان نمودن و امهال به مقدار صلاح و اخذ و صرف و ايصال به نحوي كه مذكور گرديد. »
شهيد مطهري در سال 1349 به خاطر صدور اعلاميه‌اي مبني بر جمع اعانه براي كمك به آوارگان فلسطيني و اعلام آن طي يك سخنراني در حسينيه ارشاد به ساواك احضار شد. اين در حالي بود كه ساواك چند روز پس از اطلاع از صدور اين بيانيه دستور كنترل 24 ساعته و شنود تلفن استاد را صادر كرده بود. در سندي از ساواك چنين مي‌خوانيم :
« ... چندي قبل سه نفر از روحانيون افراطي تهران و قم به اسامي شيخ مرتضي مطهري‌، سيد ابوالفضل موسوي زنجاني و محمدحسين علامه طباطبائي با انتشار اعلاميه‌هايي از مردم درخواست كردند به منظور كمك به آوارگان فلسطين كمكهاي نقدي خود را به حسابهايي كه از طرف آنان در بانكهاي ملي ايران‌، صادرات و بازرگانان باز شده واريز نمايند.
در اجراي اوامر صادره چندين بار با شيخ مطهري تماس حاصل و به وي توصيه شد با توجه به اينكه وجوه مذكور از طريق سفارتخانه‌هاي عربي فرستاده مي‌شود به مصرف حقيقي نمي‌رسد. اصلح است در ايران صرف كارهاي خير از قبيل تأسيس مدرسه‌، مسجد و مؤسسات خيريه برسد يا در اختيار جمعيت شيروخورشيد سرخ قرار گيرد تا از اين طريق در امور عام‌المنفعه خرج شود : نامبرده اظهار داشته وظيفه شرعي آنان حكم مي‌كند وجوهي كه از طرف مردم به عنوان امانت در حسابهاي آنان واريز شده به فلسطين فرستاده شود و چنانچه در جايي غير از محل مورد نظر مردم صرف شود متهم به خيانت در امانت خواهند شد لذا از اجراي خواسته ساواك معذور است‌. چون مشاراليه در دفعات قبل با جسارت تمام از انجام دستور سرپيچي مي‌كرد ... » .
در سندي ديگر با عنوان : «جمع‌آوري وجه جهت سازمان الفتح‌» اداره كل سوم در تاريخ 31/2/49 با تنظيم خلاصه سابقه استاد مطهري چنين مي‌نويسد :
«الف ـ شيخ مرتضي مطهري فرزند حسين شغل استاد دانشكده الهيات‌، از روحانيون افراطي و طرفدار نهضت به اصطلاح آزادي است كه در تاريخ 15/3/42 به اتهام اقدام بر ضد امينت داخلي كشور دستگير و در تاريخ 26/4/42 از زندان آزاد و سرانجام قرار منع پيگرد درباره وي صادر شده است‌.
شخص مذكور مدتي بجاي سيد محمود طالقاني در مسجد هدايت نماز جماعت برگزار مي‌نموده و همواره در گفتار و مذاكرات خود مطالب تحريك آميز و انتقادي بيان مي‌نمايد كه از جمله در تاريخ 31/4/43 به طور خصوصي اظهار داشته مردم بس كه مبارزه كردند و نتيجه نگرفتند خسته شدند و همگي مأيوسند مخصوصاً جبهه ملي كه روي همين اصل عقب نشيني كرد و سران نهضت آزادي هم تنها روي ايمان آنها بود كه ايستادگي كردند. وظيفة ما روحانيون و وعاظ است كه نگذاريم مردم از مبارزة خود نااميد شوند بلكه بايد آنها را اميدوار سازيم و روحية آنان را تقويت كنيم‌.
مشاراليه روز 17/7/48 ضمن سخنراني در حسينيه ارشاد مطالبي در مورد نهضت آزاديبخش اسلام مطالبي ايراد و افزوده با شعار زنده باد و مرده باد نمي‌توان آزاد شد و آزادي معنوي با آزادي اجتماعي همراه است‌. اسلام گفته است هيچ‌كس در اجتماع نمي‌تواند برتر و بهتر از ديگري باشد و قرآن اين حق را داده كه اگر كسي داراي قدرت شد و بر ضعيف ستم نمود و قوانين اسلامي را ناديده گرفت او را از مقام خود به زير بكشند و حق خود را از وي بگيرند. سپس اضافه كرده چرا مردم از يك مقامي كه در رأس قرار دارد با نام و القاب ستايش كننده او را صدا مي‌كنند؟ فقط خداست كه بايستي مورد ستايش قرار گيرد.
نامبرده روز 10/9/48 در سالن امتحانات كوي دانشگاه تهران تحت عنوان انسانيت در مكتب علي صحبت و اظهار نموده‌: استعمارگران غربي مي‌كوشند تا ما را در قيد و بند اسارت نفس خود نگهداشته و حس آزاديخواهي و آزادي طلبي را از ما سلب كنند.»
و لذا سپهبد ناصر مقدم ذيل اين خلاصه سابقه مي‌نويسد :
«صلاحيت استادي ندارد به اداره كل 4 منعكس گردد. 3/3/49»
گزارشگران ساواك از شركت او در سمينار دبيران علوم ديني كه از تاريخ 11/5/49 به مدت پنج روز در باشگاه فرهنگيان مشهد تشكيل شده بود جلوگيري كرده و اظهارات او را تحريك‌آميز و برخلاف مصالح كشور دانسته مي‌نويسند :
«او اظهار داشته كه اين سمينار جنبه تشريفاتي دارد نه جنبه ديني براي اينكه تمام دستگاههاي دولت در اين مملكت با دين مبارزه مي‌نمايند و مردم را به بي‌ديني دعوت مي‌كنند. ]مطهري‌[ نسبت به نثار تاج گل بر پيكر رضاشاه اعتراض كرده و گفته آيا دبيران علوم ديني هم بايد بت‌پرست باشند.»
پس از ارسال اين گزارش به مركز كه طي آن خبر از اقدام جهت بركناري شهيد مطهري از سمت استادياري دانشكده الهيات مي‌دهد. ناصر مقدم مقام عالي امنيتي ذيل گزارش مي‌نويسد :
«تحت مراقبت قرار گيرد.»
 خشم ساواك از اقدام او براي كمك به فلسطينيان‌ِ مورد هجوم قرار گرفته فروكش نكرده‌، با ارسال چند نامه به مراكز ذيربط از جمله دانشگاه تهران مي‌نويسد:
«آقاي شيخ مرتضي مطهري دانشيار دانشگاه تهران صلاحيت تدريس در دانشكده الهيات و ساير دانشكده‌ها را ندارد. 9/7/49»
ساواك تمامي منابر وعظ و خطابه‌هاي استاد را هر چه بيشتر تحت نظر گرفته‌، با گماشتن منابع متعدد آني از فعاليتهاي او چشم نمي‌پوشيد :
«بعدازظهر روز 18/5/50 در مسجد هدايت ... شيخ مرتضي مطهري بالاي منبر رفت و ... گفت : «بايد از ايمان مثل جواهر مواظبت نمود اگر غرب صنعت و پول دارد كشور ما هم معنويات دارد شما جوانها فكر مي‌كنيد خارجيان فقط در فكر بردن نفت و ذخاير زيرزميني ما هستند اما آنها با معنويت شما نيز سرو كار دارند وقتي كه ملتي ايمان نداشته باشد غالب شدن بر آن ملت آسان است و سپس درباره علت شكست اسپانياي مسلمان كه بر اثر عياشي ملت اسپانيا در زمان قديم به وقوع پيوسته صحبت كرد.»
با ارسال گزارش سخنراني او در مسجد الجواد كه پيرامون تقيّه بحث كرده و گفته بود :
«تقيّه در اسلام يعني مبارزه زيرزميني نه اينكه طوري عمل كنيد كه باعث راحتي شود.»
بلافاصله ناصر مقدم عكس‌العمل نشان داده‌، به ساواك تهران دستور مي‌دهد كه فعاليتهاي او را تحت‌نظر بگيرند و مسافرتهاي تبليغي او را اطلاع دهند و اعمال و رفتارش تحت مراقبت كامل باشد.
فشار ساواك به گونه‌اي افزايش مي‌يابد كه دستور مراقبت از سخنراني او در دانشكده الهيات مشهد كه به دعوت رئيس دانشكده صورت گرفته بود نيز صادر مي‌شود.
سال 1352 را نيز استاد مطهري با فشار عناصر ساواكي و كنترل منابع ساواك پشت سر مي‌گذارد حتي از سخنرانيهاي او در مسجد جاويد نيز مورد حساسيت ساواك قرار گرفته و دستور بررسي مجدد داده مي‌شود و از ساواك تهران و شميرانات خواستار مراقبت بيشتر از او مي‌شوند. با اطلاع از انتشار كتاب عدل الهي استاد مطهري‌، خواستار ارسال يك نسخه از آن كتاب براي اداره كل امنيت داخلي مي‌شود.
 
منابع ساواك به اطلاع مقامات عاليرتبه ساواك مي‌رسانند كه به دعوت دانشجويان قرار است مرتضي مطهري در روزهاي 5 و 6 و 7 و اسفند ماه 1352 در مسجد دانشگاه ملي به ايراد سخن پردازد. ثابتي كه اينك پست سابق ناصر مقدم را اشغال كرده و مديركل اداره سوم شده است در پاسخ اين استعلام مي‌نويسد :
«سخنراني نامبرده بالا در مسجد دانشگاه موصوف مشروط به احضار و توجيه مشاراليه مبني بر اينكه از اظهار مطالب تحريك‌آميز خودداري نمايد، مي‌باشد.»
مراقبت از استاد در سال 53 نيز ادامه مي‌يابد. و كمترين موضعگيري او نيز به مركز گزارش مي‌شود. يكي از واحدهاي ساواك در گزارش مورخ 18/1/53 مي نويسد :
به سند زير توجه بفرماييد :
« ياد شده از اينكه نماز جماعت سيد علي خامنه‌اي را در مشهد تعطيل كرده‌اند به شدت ناراحت شده و اظهار داشته همه مراكز حساس را كه اثري دارد مي‌بندند ... انسان متحير مي‌ماند چه كند و چه بگويد وي گفت سيد علي خامنه‌اي از نمونه‌هاي ارزنده‌اي است كه براي آينده موجب اميدواري است و در اين مدت كوتاه در مشهد كارهاي پرثمري انجام داده كه يكي از آنها جمع كردن جوانان روشنفكر و بيدار بوده و به همين جهت وي مورد توجه خميني هم واقع شده و خميني دستور داده كه هواخواهان وي خامنه‌اي را حمايت كنند.»
گزارشگران ساواك در خرداد 53 گزارش مي دهند كه مطهري در دانشكده الهيات از سيد موسي صدر تمجيد و از اينكه در مصاحبه‌هاي خود اوضاع ايران را براي روزنامه‌هاي معروف جهان تشريح كرده ، او را شجاع و آزادمرد مي‌خواند وي گفت :
«صدر اكنون يكي از پايگاههاي اميدبخش است زيرا جواناني كه از ايران خود را نجات مي‌دهند مي‌توانند به وي پناه ببرند و نيز واسطه‌اي مورد اعتماد است براي رساندن پول به خميني‌. مطهري افزود : اكنون تمام راهها را به روي ما بسته‌اند بايد براي بيداري افكار و هدايت جوانان راههاي ديگري انتخاب كنيم و نگذاريم جوش و خروشها يك‌باره خاموش شود و من فكر مي‌كنم كه چه راهي را بايد در پيش بگيريم و هنوز فكرم به جايي نرسيده است‌!» 
در مهرماه سال 1353 بود كه دانشجويان دانشگاه جندي شاپور آبادان استاد مطهري را براي سخنراني دعوت مي‌نمايند; ليكن پرويز ثابتي دستور مخالفت با برپايي سخنراني او را مي‌دهد و مدتي كوتاه از اين ماجرا نگذشته كه ثابتي نامه زير را به ساواك تهران ارسال داشته كه حاكي از نگراني شديد ساواك و دلخوري از فعاليتهاي استاد مطهري مي‌باشد :
«  گزارشهاي واصله حاكي از آن است كه نامبرده بالا از مدتي قبل فعاليتهاي خلافي را از جمله ايراد مطالب نامناسب و تحريك‌آميز در محافل دانشجويي مشهد و سمپاشي در بين پاره‌اي از معاشرين خويش دنبال مي‌نمايد.
عليهذا خواهشمند است دستور فرماييد ياد شده را احضار و ضمن دادن تذكرات شديد، به وي تفهيم نمايند در صورتي كه به رويه كنوني خود ادامه دهد، علاوه بر آنكه صلاحيت تدريس در دانشگاه را نخواهد داشت‌، تصميمات شديدي درباره‌اش اتخاذ خواهد شد. به علاوه كماكان از اعمال و رفتار و منابر مشاراليه مراقبت به عمل آورده نتايج حاصله را مرتباً اعلام دارند.مديركل اداره سوم ـ ثابتي‌» 
در پي تظاهرات طلاب علوم دينيه در 15 خرداد ماه 1354 در مدرسه فيضيه قم كه به پاسداشت قيام 15 خرداد 1342 انجام يافته بود ساواك در روز 17 خرداد با اعزام گارد شاهنشاهي و يورش مسلحانه به مدرسه فيضيه به سركوب شديد طلاب پرداخته جمع كثيري را شديداً زخمي و تمامي طلاب حاضر در مدرسه را كه حدود 400 نفر مي‌شد پس از ضرب و شتم شديد به زندان اوين منتقل و مدرسه فيضيه را نيز تعطيل نمود. از سوي ديگر درصدد شناسايي عاملين و محركين برآمد در اين راستا استاد مطهري را نيز مورد مراقبت بيشتر قرار داده و او را نيز جزء محركين اين واقعه قلمداد مي‌نمايد .
در همين زمان ، اداره كل امنيت داخلي ساواك با تنظيم يك بولتن سه برگي خطاب به نصيري ‌، ضمن ارائه شرح مختصري از فعاليتهاي استاد در پايان چنين اعلام نظر مي‌كند :
« با عرض مراتب بالا و اينكه اولاً دستگيري روحاني ياد شده موجبات بزرگ شدن وي و بالا رفتن وجهه او در بين عناصر متعصب مذهبي و دانشجويان افراطي خواهد شد. ثانياً قرار گرفتن اين شخص در رأس گروه فلسفة دانشكده الهيات‌، اصولاً وجود وي در دانشگاه‌، با توجه به مقاصد سوء اين شخص‌، به هيچ‌وجه به مصلحت نمي‌باشد. ثالثاً ادامه سخنرانيهاي مشاراليه در محافل مذهبي صحيح نيست‌، عليهذا مستدعي است در صورت تصويب :
اولاً : به اداره كل چهارم اعلام شود كه ادامه خدمت نامبرده در دانشگاه تهران به مصلحت نيست‌. ثانياً : با همكاري شهرباني كشور از ادامه سخنرانيهاي وي مخالفت به عمل آيد و مراقبت از او كماكان ادامه يابد. موكول به رأي عالي است‌.»
اين پيشنهاد در تاريخ 20/3/54 به رؤيت نعمت‌الله نصيري رئيس وقت ساواك مي‌رسد و او در ذيل نامه مي‌نويسد :
«موافقت مي‌شود حضوراً در مورد اين قبيل افراد مذاكره نماييد.»
سپس پرويز ثابتي مقام عالي امنيت به حضور رئيس ساواك شتافته و او را متقاعد به انجام تصميمات فوق مي‌نمايد و در تاريخ 22/3/54 يعني دو روز بعد ذيل نامه دستور زير را صادر مي‌كند :
«مذاكره شد طبق نظريه اقدام شود ثابتي 22/3/54»
از اين تاريخ استاد مطهري ممنوع‌المنبر شده و جهت پايان خدمت او در دانشگاه نيز اقداماتي به عمل آورده مي‌شود.
استاد مطهري كه از قبل پيش‌بيني اتخاذ چنين ترفندي را از سوي ساواك كرده بود از فرصت استفاده كرده و جهت سفر به كشورهاي اسلامي به عنوان فرصت مطالعاتي درخواست مرخصي و گذرنامه مي‌نمايد كه در تاريخ  18/10/54 ثابتي ضمن نامه‌اي چنين مي‌نويسد :
«صدور گذرنامه جهت نامبرده بالا به مقصد كشورهاي عربي از نظر اين اداره كل به مصلحت نمي‌باشد. ثابتي »
در خردادماه 1355 ( محرم و صفر ) نيز ساواك به شهرباني و ژاندارمري طي نامه‌اي ممنوع‌المنبر بودن استاد را اعلام و درخواست جلوگيري و مراقبت از منبر وي را نمود.
دوره مشخصي از فعاليتهاي او در زمينه ايدئولوژيك نيز وجهه خاصي دارد و آن بعد از ظهور گرايشهاي ماركسيستي در سازمان مجاهدين خلق و انتشار آن بيانيه كذايي است كه گروهي رسماً ماركسيست شدند. البته در بقيه هم گرايشهاي التقاطي وجود داشت‌. بلافاصله شهيد مطهري به شدت شروع به فعاليت كرد و كتابها و جزوات دو سال آخر حياتش را تدوين كرد... كتابهايي درباره توحيد، نبوت‌، قيام حضرت مهدي‌، فلسفه تاريخ‌، اقتصاد و... او به تمام شبهاتي كه آن جزوات و آن گرايشها به وجود آوردند تك تك پاسخ داد...
همچنين در جريان انقلاب اسلامي تشكيلات روحانيت مبارز در هشت منطقه تهران فعاليت مي‌كرد و هر منطقه زير نظر دو نفر از روحانيون آگاه و متعهد اداره مي‌شد. كل اين تشكيلات داراي دو ـ سه نفر مشاور عالي بود كه مخصوص منطقه خاصي نبودند و خط اصلي كارها را تعيين مي‌كردند و به مناطق مي‌دادند.
شهيد مطهري و شهيد بهشتي جزو اين مشاوران عالي بودند. بسياري از اعلاميه‌ها به قلم استاد مطهري بود. پيش‌نويس اساسنامه روحانيت مبارز را ايشان تنظيم كردند كه بعد از شهادت ايشان در مجمع عمومي كه به همت شهيد بهشتي در كرج برگزار شد. تصويب گرديد. 
در صفحات 34 و 35 كتاب سيماي استاد مطهري مي خوانيم :
« جلسه‌اي بود قبل از سال 56 كه يكي از دوستان به خاطر برنامه‌ريزي براي مبارزات تشكيل داده بود... آقاي بهشتي و جمعي از بزرگان هم بودند. هنوز با آقاي مطهري صحبت نشده بود. خبر جلسه را در نجف دادند كه «... جمعي را براي پي‌ريزي بعضي مسايل تشكيل داده‌ايم‌» امام پيغام داده بودند كه آقاي مطهري بايد در آن جمع باشند. آقاي مطهري در پيروزي اين انقلاب بلكه بوجود آوردن اين انقلاب هم نقش بسيار مؤثر داشتند اما در مورد حراست از مرزهاي ايدئولوژيك و حفظ نه شرقي و نه غربي و به خصوص التقاط زدايي از انديشه اسلامي آقاي مطهري يك فرد بي‌نظيري بود. ايشان در جامعه روحانيت مبارز شركت داشتند و خودشان جزو مؤسسين اين جامعه بودند. چرا كه آن وقت در تهران مهمترين و عمده‌ترين كارها را در رابطه با اجتماعات و تظاهرات مردم‌، راهپيماييها و جلسات بزرگ سخنرانيها، جامعه روحانيت مبارز مي‌كرد. مرحوم مطهري نيز در اين جلسات شركت داشتند و فعاليت مؤثر و بسزايي ايفا مي‌كردند. نقش مرحوم مطهري به نظر من نقش درجه يك بود. من شهادت مي‌دهم كه اين شهيد بزرگوار در آن دوره غيبت امام وقتي كه امام در زندان بودند يا در قيطريه تحت نظر كه تحت نظر بودنشان هم يك زندان محترم‌تري بود، يا وقتي در تركيه تبعيد بودند و يا وقتي كه به عراق تبعيد شدند، در تمام اين دوره‌ها مرحوم مطهري كارگشا و راه‌گشاي بسياري از مشكلات مبارزه بود و حضور ايشان اين اهميت را داشت‌. »
سابقه 35 ساله او با رهبري نهضت و اعتماد كامل امام به او وي را به صورت يكي از اصحاب سِر و رازدار انقلاب و امام تبديل كرده بود و اين ارتباط حتي پس از تبعيد امام به وسيله پيك و نامه نيز برقرار بود تا اينكه در سال 1355 استاد مطهري به عتبات مشرف شد و به‌ديدار استاد خويش شتافت‌. در اين ديدار امام فرمودند :
«مسائل روز را بررسي كنيد و جواب بدهيد. مسائلي از مكاتب چپي يا مكاتب ديگر را كه انحرافي است جواب بدهيد.»
پيش از آن نيز امام به او توصيه كرده بود كه رابطه خود را با حوزه علميه قم بيشتر كند و لذا او از سال 1351 تا 1357 هفته‌اي سه روز به قم مي‌رفتند و در حوزه علمية قم‌، دروس مهمي مانند شناخت اصل غائيت‌، فلسفه هگل‌، معارف قرآن‌، ماركس و ماركسيسم‌، منظومه‌، نجات و اسفار را تدريس مي‌كرد.
 
به دنبال هجرت تاريخي امام به پاريس‌، مطهري نيز شتابان بدان ديار شتافت‌. «ايامي كه آن شهيد مي‌خواست براي ديدن استادش به فرانسه برود، يادم نمي‌رود. استادي كه سالهاي سال به انتظار تشريف فرمايي او نشسته بود. آن روزهاي آخر، گويا هيچ كاري نداشت‌. اگر از او سؤال مي‌كردي مي‌گفت كه آمادگي پاسخگويي ندارد. اصلاً مثل عاشقي بود كه وعده وصلش نزديك شده باشد.
خود استاد مطهري در بازگشت از سفر پاريس طي سخناني در وصف امام مي‌گويد :
«من كه قريب دوازده سال در خدمت اين مرد بزرگ تحصيل كرده‌ام‌، باز وقتي كه در سفر اخير به پاريس به ملاقات و زيارت ايشان رفتم‌، چيزهايي از روحية او درك كردم كه نه فقط بر حيرت من‌، بلكه بر ايمانم نيز اضافه كرد. وقتي برگشتم‌، دوستانم گفتند : «چه ديدي‌؟» گفتم چهار تا «آمَن‌َ» ديدم‌. آمن بهدفه ـ به هدفش ايمان دارد. دنيا اگر جمع بشود، نمي‌تواند او را از هدفش منصرف كند. آمن بسبيله ـ به راهي كه انتخاب كرده‌، ايمان دارد. امكان ندارد بتوان او را از اين راه منصرف كرد. شبيه همان ايماني كه پيغمبر به هدفش و به راهش داشت‌. آمن بقوله ـ در ميان همة رفقا و دوستاني كه سراغ دارم‌، احدي مثل ايشان به روحية مردم ايمان ندارد. به ايشان نصيحت مي‌كنند كه : «آقا! كمي يواشتر. مردم دارند سرد مي‌شوند، مردم دارند از پاي در مي‌آيند.» مي‌گويد : «نه‌. مردم اينجور نيستند كه شما مي‌گوييد. من مردم را بهتر مي‌شناسم‌.» و ما مي‌بينيم كه روز به روز صحت سخن ايشان بهتر آشكار مي‌شود. و بالاخره‌، بالاتر از همه‌;آمن بربّه ـ در يك جلسة خصوصي‌، ايشان به من مي‌گفت : «فلاني‌! اين ما نيستيم كه چنين مي‌كنيم‌. من دست خدا را به وضوح حس مي‌كنم‌.»
آدمي كه دست خدا و عنايت خدا را حس مي‌كند و در راه خدا به وضوح قدم برمي‌دارد، خدا هم مصداق «اِن تَنصُرُوااللهَ يَنصُركُم‌» بر نصرت او اضافه مي‌كند .
بي‌شك از جان گذشتگي و مبارزة خستگي‌ناپذير با ظلم و ظالم و دفاع سرسختانه از مظلوم و صداقت و صراحت و شجاعت و سازش ناپذيري اين رهبر، در انتخاب او به مقام رهبري نقش داشته‌. اما مطلب اساسي چيز ديگري است و آن اين كه نداي امام خميني از قلب فرهنگ و از اعماق تاريخ و از ژرفاي روح اين ملت برمي‌خاست‌. مردمي كه در طول چهارده قرن‌، حماسة محمد، علي‌، زهرا، حسنين‌، سلمان‌، ابوذر و... صدها هزار زن و مرد ديگر را شنيده بودند و اين حماسه‌ها با روحشان عجين شده بود، بار ديگر همان نداي آشنا را از حلقوم اين مرد شنيدند. علي را و حسين را در چهرة او ديدند. او را آيينة تمام نماي فرهنگ خود كه تحقير شده بود، تشخيص دادند. امام چه كرد؟ او به مردم ما شخصيت داد. خود واقعي و هويت اسلامي آنها را به آنان بازگرداند. آنها را از حالت «خودباختگي‌» و... خارج كرد. اين بزرگترين هديه‌اي بود كه رهبر به ملت داد. او توانست ايمان از دست رفته مردم را به آنها بازگرداند و آنها را به خودشان مؤمن كند. . 
تشكيل شوراي انقلاب و عضوگيري براي آن نيز از جمله فعاليتهاي او در جهت پيشبرد اهداف انقلاب بود نقش مؤثر او در اين شورا از بسياري از اتفاقات ناگوار و سوءاستفاده عوامل مخالف نهضت جلوگيري كرد. رهبر معظم انقلاب اسلامي حضرت آيت الله خامنه اي در اين خصوص مي فرمايند :
«آن وقتي كه (شاپور) بختيار پيشنهاد كرده بود برود خدمت امام برسد يك شرحي (اعلاميه‌اي‌) را داده بود به يكي از آقايان وابسته به جبهه ملي كه بياورد شوراي انقلاب كه بختيار مايل است اگر شما موافقيد و اگر امام هم قبول مي‌كند اين اعلاميه را صادر كند ! اين اعلاميه مي‌توانست وجهه‌اي براي بختيار درست كرده و كار را عقب بيندازد. لكن در آن جمع ما، دو نفر قاطعاً مخالفت كردند !يكي مرحوم شهيد مطهري بود و ديگري مرحوم شهيد بهشتي‌. اين دو نفر هر كدام يك نكته‌اي را به عنوان ايراد، در اين اعلاميه ذكر كردند كه اگر آن نكته اصلاح مي‌شد نظر بختيار برآورده نمي‌شد. لذا بود كه وقتي اين دو نفر اصلاحات خود را ذكر كردند و آن اعلاميه برگشت‌، بختيار مايل نشد كه آن را پخش كند چرا كه برايش فايده‌اي نداشت‌.»
تحصن در دانشگاه تهران يكي از مهمترين عوامل تسهيل در ورود به موقع رهبر انقلاب به وطن و خنثي شدن توطئه‌ها گرديد و نقش استاد مطهري در اين تحصن تأسيسي بود. آيت‌الله سيد حسن طاهري خرم‌آبادي چنين مي گويند :
«آقاي مطهري در تحصن دانشگاه نيز نقش اساسي داشتند. يادم مي‌آيد شبي كه در مدرسه رفاه جمع شده بوديم كه چه بايد بكنيم و چه نبايد بكنيم‌. پيشنهاد يك تحصن مطرح شد. دكتر بهشتي و آقاي مطهري‌، آقاي خامنه‌اي و خيلي‌هاي ديگر بودند. بعضي از دوستان اعتقاد داشتند تحصن در مسجد امام فعلي (مسجد شاه سابق‌) كنار بازار باشد. اما آقاي مطهري گفتند كه تحصن در دانشگاه باشد و بالاخره هم همان شد. آقاي مطهري از در جلو مسجد دانشگاه وارد شدند و گفتند : ما آمده‌ايم تحصن كنيم تا امام بيايند و تا وقتي كه امام نيايند، ما نمي‌رويم‌.»
شهيد مطهري ، رياست كميته استقبال از رهبر انقلاب را شخصاً عهده‌دار شد و با كمك مردم و نيروهاي مخلص به احسن وجه مراتب استقبال از امام خميني را به عمل آورد و سپس چونان مشاوري دلسوز پروانه‌وار گرد شمع وجود استاد خويش مي‌چرخيد.
پس از انقلاب و با ترور ناجوانمردانه سپهبد شهيد ولي‌الله قره‌ني ،  حجة‌الاسلام والمسلمين سيد مصطفي محقق داماد به از قول شهيد مطهري چنين مي گويد :
«به نظرم مي‌رسد شخصيت مذهبي و روحاني كه در برنامه گروه فرقان است‌، من باشم‌. يقين دارم‌، آنهايي كه از استقلال فرهنگ اسلامي مي‌ترسند و هراس دارند كه اين فرهنگ غني اسلام گسترده شود، با كسي كه بسيار دشمني دارند و بغض او را در اين زمينه دارند منم‌. من آرزو دارم كه اگر مي‌ميرم‌، مرگي در راه عقيده‌ام داشته باشم‌، اگر مرا بكشند، يقين دارم كه در راه اعتقادم و در راه آنچه سالها برايش قلم زده‌ام و فرياد كشيده‌ام كشته مي‌شوم‌.» 
آيت‌الله سيد عبدالكريم موسوي اردبيلي‌ نيز از روزهاي آخر عمر استاد مطهري ، چنين مي گويند :
« نيمه‌هاي شب دهم ارديبهشت مطهري پيش از موعد قيام هميشگي‌اش براي تهجد بامدادي از خواب برمي‌خيزد و پاي بر زمين مي‌كوبد به گونه‌اي كه همسرش بيدار مي‌شود و او را در حالتي خاص مي‌يابد. از او مي‌پرسد اين چه حالت است‌؟ مي‌گويد: من الان خواب عجيبي ديدم‌، ديدم كه من و امام دو تايي در مسجدالحرام هستيم و در بيت شريف باز شد. پيغمبر از آنجا آمد پايين و آمد طرف من و مرا بوسيد من خدمت امام بودم‌، قدري دستپاچه شدم و گفتم‌: «يا رسول‌الله ايشان فرزند شما هستند، پسر شما هستند.» حضرت فرمودند : «بله‌» و رفتند طرف امام و امام را نوازش كردند و امام را بوسيدند و مجدداً برگشتند به طرف من و لبهايشان را بر روي لبهاي من گذاشتند و الآن من گرمي لبهاي پيامبر را روي لبهايم احساس مي‌كنم‌. به او گفتم : اين خواب را چگونه تعبير مي‌كني‌؟ گفت : تغيير بزرگي در زندگي من بوجود مي‌آيد. »
و سرانجام ساعت 30/22 سه‌شنبه يازدهم ارديبهشت ماه سال 1358، هنگام بازگشت از جلسه شوراي انقلاب آن گاه كه صدايي جز صداي بالهاي ملائكي كه براي پرواز روح پاك مطهري به زمين هبوط كرده بودند شنيده نمي‌شد، او از پشت سر هدف گلوله قرار گرفت‌. گلوله‌اي آتشين از زير لاله گوش راست داخل و از بالاي ابروي چپ خارج شد. گواهان بسياري مراتب تهجد و نيايش‌هاي شبانه او را از سالهاي نوجواني به شهادت نشسته‌اند و آخرين گواه او ساعت كوكي اطاق استراحت او بود كه رأس ساعت 2 بامداد روز دوازدهم ارديبهشت زنگ بيدارباش هميشگي‌اش را نواخت و پيوسته نواخت غافل از اينكه اين بار مطهري پيش از سرعت زمان عروج عارفانه خود را آغاز كرده بود.
و فرداي آن روز پيكر مطهر او بر روي دستهاي مردم از تهران تا قم تشييع شد و در جوار بارگاه ملكوتي كريمه اهل بيت حضرت معصومه (ع‌) به خاك سپرده شد.