مروري بر زندگاني سيد احمد خميني با استفاده از اسناد ساواك

حجت‌الاسلام والمسلمين حاج سيداحمد مصطفوي خميني فرزند امام خميني‌،  در 24 اسفند 1324 شمسي در قم ديده به جهان گشود. نخستين صدايي كه در اين عالم شنيد آواي ملكوتي اذان بود كه از زبان پدر در گوش او طنين توحيد افكند. مادر گرامي‌اش خانم خديجه ثقفي ملقب به قدس ايران و فرزند مرحوم آيت‌الله حاج ميرزامحمد ثقفي تهراني‌آيت‌الله حاج ميرزامحمد ثقفي تهراني‌، است‌. او مي‌گويد:
«احمد آقا در سال 1324 متولد شد. در آن زمان منزل ما در پارك اتابكي بود كه اكنون جزء مدرسه حجتيه‌ است ‌. احمد آقا در اين خانه به دنيا آمدند و بچه هفتم ما هستند كه البته يك دختر هم پس از او به دنيا آمد كه از دنيا رفت‌. كلاً سه تا از بچه‌هايم در دوران كودكي از دنيا رفته‌اند. علي‌، لطيفه و سعيده‌. احمد آقا چند روز مانده به عيد نوروز به دنيا آمدند. چهار ماهه بود كه به منزل جديد خود در يخچال قاضي‌، رفتيم و آن را اجاره كرديم و احمد آقا در اين منزل كه بعدها بيروني امام شد بزرگ شدند...».
روايت تولد احمد از زبان خواهر بزرگش خانم فريده مصطفوي چنين است :
«... به هر حال بعد از پنج دختري كه مادرمان به دنيا آورده بود، احمد متولد شد و بدين جهت براي خانم و ما خواهرها، خيلي عزيز بود و به او علاقه داشتيم‌. احمد در طفوليت خيلي مريض مي‌شد و پزشكان معالج گفته بودند كه او فقط بايد شير مادر يا شير دايه را بخورد خانم هم شير، نداشتند، بدين جهت گاهي چند زن كه در همسايگي ما ـ دور و نزديك ـ بودند و شير داشتند به احمد شير مي‌دادند... . ..كوچك بودم آن قدر كه توان خواندن نداشتم و امام مرا در كنار خود مي‌نشاند، خود مشغول خواندن بود و من با كتاب‌هاي او بازي مي‌كردم‌.»
دوران طفوليت احمد در دامان پرمهر و عطوفت پدر و مادر گرامي‌اش سپري شد. دوره كودكي معمولاً با جوش و خروش و تحرك بسيار همراه است‌. غالب آنان گوش شنوا ندارند و به هر كاري دست مي‌زنند اما احمد اين گونه نبود. مادرش در اين باره مي‌گويد:
«... او پسر خيلي آرام و پي حرف برويي بود كه گاهي من به دخترها مي‌گفتم : من در عرض ماه به اين پسر پنج ـ شش ساله نبايد بگويم : بكن يا نكن‌، ولي به شما دخترها كه خيلي شيطان هستيد، روزي چند بار بايد امر و نهي كنم‌.».
امام با وجود مشغله‌هاي علمي‌، اجتماعي و سياسي‌ِ بسيار، هرگز از انجام وظايف خود به‌عنوان پدر غافل نبود. او تمامي حركات و كارهاي فرزندش را به دقت تحت‌نظر داشت‌، و سخت مراقب تربيت او بود; اما آرامش بيش از حد احمد مانع از آن بود كه كسي نسبت بر او خشم گيرد. به هر حال به سني رسيد كه بايد به مدرسه مي‌رفت. خانم فريده مصطفوي در اين باره مي گويند ‌:
«دخترها به مكتب مي‌رفتند ولي احمدجان وقتي هفت ساله شد به مدرسه اوحدي‌، كه در چهارراه مريضخانه‌ چهارراه بود، مي‌رفت‌. درسش خوب بود و احتياج به كمك نداشت‌.».
ورود به دبستان و محيطي تازه و متفاوت با گذشته و آشنايي با دوستان و همبازيهاي جديد، به يك باره تحولي در رفتار و روحيات او پديد آورد. ديگر از آن كودك آرام و كم جنب و جوش گذشته خبري نبود. شوهر خواهر ايشان مي گويد :
«تحرك و ناآرام بودنش به شكل بارزي در ذهن من مانده است‌. من از بچگي او را مي‌شناختم‌. حدود دوازده سال تفاوت سني داشتيم و بعداً من هم در دبستان و هم در دبيرستان معلم ايشان بودم‌. بسيار ناآرام و دائماً دنبال بازي بود. مثلاً يادم هست يك بار در جاي بسيار دوري از منزلشان كه محله يخچال قاضي‌، بود يعني سر راه اصفهان كه به آن گردنه مي‌گفتند و حالا ابتداي خيابان دور شهر است‌، او را پا برهنه ديدم‌. به خاطر بازي تا آنجا كشيده شده بود. حدود نه ده سال داشت‌.» خود درباره آن روزها، خاطرات اولين روز ورودش به مدرسه‌، شيطنت‌هاي كودكانه‌، چگونگي برخورد بزرگترها و نحوه تنبيه معلم‌ها در مدرسه چنين مي‌گويد :
«اولين روزي كه به مدرسه‌ام فرستادند فرار كردم‌؟ بعد با كتك پدرم و معلم ناچار در كلاس حاضر مي‌شدم‌. تا ششم ابتدايي از خيلي معلمان كتك خوردم‌. يخ حوض مدرسه را مي‌شكستند و دستهايم را شايد نزديك نيم ساعت توي آب يخ مي‌گذاشتند و بعد چوب‌. هر چه فكر مي‌كنم نمي‌دانم چرا اينقدر مرا مي‌زدند. درست است كه خيلي شيطان بودم‌، ولي اين موجب نمي شد كه هر روز به چوبم ببندند! چه مي‌شود كرد روش تربيتي قديم چنين اقتضا مي‌كرد. شيرين اينكه كلاس هفتم و هشتم و نهم را هم با كتك طي كردم هر روز صبح ناظم دبيرستان حضرت آقاي محمود توكل اسم من را مي‌خواند كه بيا و مي‌دانستم كه كيله‌اش شش چوب است‌! سرم را زير مي‌انداختم و كتكم را نوش‌جان مي‌كردم و با همان سر زير مي‌رفتم كلاس‌، و زنگ دوم فرار.»
با وجود هوش و ذكاوت بسيار، از نظر درسي متوسط و نمرات درسي‌اش چندان درخشان نبود ولي اگر اراده مي‌كرد و تصميم براي انجام كاري مي‌گرفت موفقيتش حتمي بود. چه اينكه بعدها وقتي به صورت جدي به فراگيري علوم حوزوي روي آورد همه شاهد توانايي و استعداد وي بودند:
«روي هم رفته شاگرد خوبي نبودم‌، راستي بايد بگويم كه كلاس هشتم با تمام كتك‌ها پنج تجديد آوردم‌، نگذاشتند بروم امتحان بدهم‌. گفتند پايه‌ات قوي مي‌شود، سال بعد همان كلاس هشتم شش تجديد آوردم كه به هيچ كس نگفتم تا يك هفته به امتحانات آن سال تابستان كرج‌، 3 بوديم‌. آمدم قم از آنجا كه باهوش بودم در ظرف يك هفته شش درس را خواندم و امتحان دادم و قبول شدم‌.»
 احمد پس از گذراندن دوران تحصيلي متوسطه و در زماني كه پدرش از سوي رژيم شاه به تركيه‌، تبعيد شده بود، موفق به اخذ ديپلم طبيعي از دبيرستان حكيم نظامي قم‌، شد. برادر بزرگش آيت‌الله حاج آقا مصطفي خميني نيز به تركيه تبعيد شده و خواهرها نيز ازدواج كرده و سر زندگي خود رفته بودند، و تنها همدم و همراز مادرش او بود.
بخش عمده‌اي از اوقات فراغت خود را به ورزش به ويژه فوتبال مي‌گذراند :
«از همان بچگي توپي را كه براي من خريده بودند در بغل مي‌گرفتم‌، حتي در شبهاي سرد زمستان آن را از خودم جدا نمي‌كردم‌. در همان حدود يواش‌، يواش مسابقات محلي فوتبال را شروع كرديم‌. از بس علاقه‌مند به مسابقه بوديم‌، شب مسابقه تا صبح در فصل زمستان مي‌آمديم كنار پنجره و به آسمان خيره مي‌شديم كه آيا باران مي‌آيد يا نه‌؟ اگر باران مي‌آمد مثل اينكه كوهي را بر سرمان مي‌زدند، كه فردا نمي‌توانيم مسابقه بدهيم‌. از اين محله به آن محله راه مي‌افتاديم براي مسابقه در رشته‌هاي فوتبال‌، واليبال‌، دو ميداني و امثال اين ورزشها و هر وقت مي‌برديم از ميزبان كتك مي‌خورديم و گاهي چند دقيقه به پايان بازي فرار مي‌كرديم‌. وقتي دوران ابتدايي يعني كلاس ششم را تمام كردم و وارد كلاس هفتم شدم عضو تيم فوتبال‌، بسكتبال و واليبال شدم و از بازيكنان محبوب دبيرستان بودم‌.»
كمبود شديد امكانات و فقدان زمين ورزشي مناسب‌، از شور و اشتياق احمد و تمرينات پيوسته و خستگي‌ناپذير وي نكاست‌، به گونه‌اي كه در سال سوم متوسطه به تيم فوتبال قم راه يافت و با اين كه از همه كوچكتر بود دو سال بعد كاپيتان آن تيم شد. يكي از دوستان ايشان ، آقاي كاظم رحيمي‌، در مصاحبه با ماهنامه تاريخي فرهنگي شاهد ياران‌ مي گويند :
«ما همراه تيم قم‌ ،  به شهرري ‌، رفتيم و با آنها مسابقه‌اي را برگزار كرديم‌. احمد آقا كاپيتان تيم قم بود. در آن بازي احمد آقا موفق شد سه گل به آن تيم بزند... آن روز بازي‌اش خيلي گل كرد بعد از بازي او را شناختند، مردم هجوم آوردند و او را سر دست بلند كردند و در خيابان راه افتادند و شعار دادند، «درود بر خميني‌، سلام بر سيد احمد» ما همبازيها و رفقاي سيداحمد دستپاچه شديم كه مبادا دستي در كار باشد كه باعث گرفتاري احمد آقا شود. چند نفري رفتيم و اين وضعيت را به هم زديم و او را گرفتيم و آورديم رختكن كه مشكل برايش پيش نيايد...».
به خاطر علاقه و شور و شعفي كه نسبت به ورزش داشت تمام مجله‌هاي كيهان ورزشي، را خريداري و به صورت سالانه صحافي مي‌كرد. بارها براي شركت در مسابقات ورزشي و يا تماشاي مسابقه با دوستانش راهي تهران مي‌شد. بازي همة تيم‌ها را تعقيب مي‌كرد و تمامي بازيكنان تيم‌هاي باشگاهي و ملي كشورها را براي تحليل چگونگي بازي تيم‌ها و تكنيك‌هاي فردي و تيمي آنها با دوستانش به بحث و گفتگو مي‌نشست و بارها در مسابقات مختلف دچار ضربه و آسيب‌ديدگي شد :
«در مسابقات گوناگون ورزشي آرنج و دست چپم شكسته است‌. بازوي دست راستم نيز شكسته است‌. پاي چپم هشت بار و پاي راستم يازده بار در رفته است‌. مچ دستهايم از بس در مي‌رفت يادم نيست‌. بيشتر انگشتان دستم شكسته است و اينها همه در حين بازي فوتبال يا بسكتبال اتفاق افتاده است‌. بارها مسابقات بسكتبال و فوتبال را قضاوت كرده‌ام‌.»
با حضور مسئولان تيم  باشگاه شاهين در قم و مشاهده تكنيك و توانايي فوق‌العاده احمد در زمين بازي از وي براي حضور در تيم شاهين تهران دعوت به عمل آمد و او پذيرفت‌:
«يك موقع من در كنار زمين شماره 3 بودم‌، مربي تيم شاهين آن زمان كه مرا مي‌شناخت و اطلاع داشت كه خوب بازي مي‌كنم به من گفت آماده باش و برو توي زمين بازي كن‌. من مات و مبهوت مانده بودم چون در تيم دست دوم بازي مي‌كردم به او گفتم كه من الان در دسته دوم بازي مي‌كنم او گفت پس نمي‌تواني بازي كني‌. از اين ماجرا خيلي تأسف خوردم واقعاً براي بچه‌اي مثل من در آن موقعيت خيلي مشكل بود كه موقعيت و فرصت بازي در باشگاههاي دسته اول را از دست بدهد.»
عشق و علاقه فوق‌العاده زياد احمد به فوتبال و تلاش پيوسته وي منجر به آن شد كه او از زمينهاي خاكي و ناهموار قم وارد محبوب‌ترين تيم باشگاهي ايران در آن سالها شود. حضور در تيمي كه 9 تن از بازيكنان آن عضو و ستاره تيم ملي فوتبال كشور بودند. ولي به يكباره تمام اين شور و اشتياق فروكش كرد و فوتبال را كنار گذاشت‌. او به راحتي نمي‌توانست با فوتبال خداحافظي كند مخصوصاً در زماني كه در اوج درخشش بود. تنها چيزي كه توانست هضم اين موضوع را براي وي آسان كند و به راحتي با آن كنار آيد اشاره پدرش بود. او كه سر سپرده و مريد امام بود به خوبي دريافت كه مبارزه با رژيم كه اصل اولي آنها پنهان‌كاري و مخفيانه عمل كردن است با ورزشكار قهرماني كه تمامي همّش شهرت و مطرح شدن و روي سكو رفتن است‌، تنافي دارد. سال 1344 هجري شمسي سال خداحافظي وي با فوتبال بود. 
سيداحمد پس از گرفتن ديپلم متوسطه جهت تحصيل در مدرسه عالي حسابداري تهران ، پذيرفته شد; اما هيچ‌گاه براي شركت در اين‌گونه مجامع علمي رغبتي نشان نداد. وانگهي مي‌دانست كه رژيم ممكن است براي ورود افراد در حال مبارزه‌، به دانشگاه مانع‌تراشي و سختگيري‌هاي بسياري نمايد. در همين اثنا امام خميني (ره‌)، طي نامه‌اي به آيت‌الله اشراقي‌ ‌،  اعلام داشت‌:
«اگر احمد درس طلبگي بخواند مطابق طلاب ديگر به او شهريه بدهيد ماهي صدوپنجاه تومن نه بيشتر و نه كمتر.»
سيداحمد پس از تبعيد امام (ره‌) به تركيه‌، و از آنجا به عراق‌، براي ديدار با ايشان در اواخر سال 1344 راهي عراق‌، شد. در نجف اشرف‌، فراگيري علوم حوزوي را آغاز نمود. جامع‌المقدمات اولين كتابي بود كه او فراگرفت و پس از مراجعت به قم تحصيلات خود را ادامه داد. خود ايشان مي گويند :
«سطح را نزد آقايان ابطحي‌‌، كاشاني‌‌، شيخ مهدي‌ صادقي‌، و محمد فاضل لنكراني‌،محمدباقر سلطاني‌، خواندم اكثر درسهايم را نزد آقاي ابطحي خواندم و خارج را نزد حضرت آقاي موسي شبيري‌ زنجاني و آقاي مرتضي‌ حائري‌،  و نجف هم نزد امام و مرحوم برادرم‌. درسهايي هم مرحوم شهيد آقاي مطهري‌‌، هفته‌اي دو روز مي‌آمدند قم كه من هم شركت مي‌كردم‌.»
اواخر سال 1345 ش براي بار دوم به عراق‌،  سفر كرد. در همين سفر بود كه رسماً به سلك روحانيت در آمد و «عمامه‌» را كه نشاني است بر مسئوليت‌پذيري و تقدس راه انتخاب شده‌، به دست مبارك امام خميني‌، بر سر نهاد. اينك او شايستگي حضور در دروس عالي حوزوي را كسب نموده است‌. آيت‌الله محمد فاضل لنكراني‌، كه خود از اساتيد ايشان است در خصوص ابعاد علمي ايشان مي‌گويد:
«ايشان مجموعاً 5 سال تمام در بحث‌هاي خارج فقه و اصول شركت نمود و باتوجه به نبوغ و استعداد كاملي كه در ايشان وجود داشت جداً مي‌توانيم بگوييم پنج سال به منزله ده سال شركت ديگران بود.»
سيد حسين خميني مي گويد :
«دفعه آخر كه آمدند عراق‌،  شروع كردند به درس‌، پس از مدتي خواستند برگردند كه فوت پدرمان اتفاق افتاد و ايشان ماندند و كارهاي امام را انجام دادند. در ضمن در درس هم شركت مي‌كردند. در درس امام شركت مي‌كردند. قبل از فوت پدر در درس ايشان هم شركت مي‌كردند. در درس شهيد آيت‌الله محمدباقر صدر، هم شركت مي‌كردند.»
حجت‌الاسلام سيد احمد خميني پس از پيروزي انقلاب اسلامي هرگاه فرصت مي‌يافت بر افزودن آموخته‌هاي ديني خود سعي بليغ مي‌نمود. تحصيل و فراگيري فلسفه اسلامي نزد آيت‌الله محمدمحمدي گيلاني‌، از اين نمونه است :
«ايشان اصل كارش در فقه و اصول بود و بعداً به فلسفه پرداخت‌. باهم شروع به مباحثة فلسفه «اعلي‌» و متن كتاب «شرح منظومه‌»،  تأليف سبزواري ، كرديم‌. يعني حكمت متعاليه و متني كه مورد بحث قرار داديم‌، حكمت منظومه ‌، سبزواري‌عليه الرحمه بود. من حيث‌المجموع‌، دور از افراط و تفريط، ايشان جامع معقول و منقول بود و صاحب نظر و مجتهد در فقه بود.»
ثمره سالها تلاش و مجاهدت علمي سيداحمد، نائل شدن به درجه اجتهاد بود، مشاركت در بحث‌هاي دقيق فقهي و ابراز نظر دربارة آنها، تدريس كتب سطوح بالاي حوزوي و تصديق مراتب بالاي علمي وي توسط اساتيد برجسته و توانمند حوزه همگي شاهدي براين مدعاست آيت‌الله سيدمحمد موسوي بجنوردي مي گويند ‌:
«ايشان فقه را خوب مي‌دانست‌، اصول را مسلط بود. در فلسفه خيلي كار كرده بود. در ادبيات و شعر وارد بود. مجموعه بود اما چون اهل تظاهر و خودنمايي نبود فضائلش پنهان مانده بود. حاج احمد آقا مسلماً يك مجتهد متجزي بود. در اجتهاد او شكي ندارم‌.»
پس از سخنراني حماسي و كوبنده امام خميني‌، در عصر عاشوراي سال 42 و به دنبال آن سخنراني وعاظ و روحانيون در محكوميت اعمال رژيم‌، سركردگان امنيتي حكومت پس از بررسي‌هاي فراوان چاره‌كار را در دستگيري و بازداشت امام خميني‌، يافتند. براين اساس در سحرگاه پانزده خرداد سال 1342 با حمله ددمنشانه به منزل امام خميني‌، در قم ايشان را دستگير و راهي تهران‌‌، نمودند. احمد شاهد ماجرا بود و ديد كه چگونه پدر را در هنگام اقامه نافله شب دستگير نمودند. سكينه و آرامشي كه در سيماي پدر نمايان بود هميشه در خاطرش باقي ماند. با انتشار خبر دستگيري امام كه خبر آن در اندك زماني در تمام كشور پخش شد، مردم به تظاهرات عظيمي دست زدند.
نطق كوبنده امام و اعلاميه تاريخي او عليه احياي كاپيتولاسيون‌، ضربه‌اي مهلك بود كه تنها با تبعيد امام به خارج از مرزهاي وطن و قطع تمامي ارتباطهاي او با ايران و حوزه‌هاي علميه‌، شاه‌،  را خيال‌بافانه به ادامه دخالت‌هاي آمريكا و تداوم سلطنت خيانت پيشه‌اش اميدوار مي‌ساخت‌. احمد بار ديگر شاهد محاصره منزل پدر، دستگيري و اعزام مجدد وي به تهران‌‌، بود. بلافاصله امام را به تركيه‌، و از آنجا به عراق‌، تبعيد نمودند. پس از چندي فرزند ارشد امام حاج آقا مصطفي را نيز به تركيه‌، تبعيد نمودند. رژيم به خيال خام خود كار را تمام شده تلقي و گمان نمود با دور شدن امام و فرزند برومندش از كانون قيام مي‌تواند با خاطري آسوده به اجراي سياست‌هاي ديكته شدة اربابانش بپردازد. غافل از آن كه فرزند ديگر امام يعني احمد وظيفه خود را در غياب پدر و برادرش به درستي درك كرده‌، به انجام آن خواهد پرداخت‌. رسالت تاريخي احمد از اين زمان به صورت جدي آغاز گشت‌. كانون مبارزه بايد گرماي خود را حفظ مي‌كرد. و همه اينها در ارتباط مستمر و پيوسته ياران و دوستان امام با ايشان تبلور مي‌يافت‌. لذا در اولين اقدام بايد خود را آماده سفر به عراق‌، مي‌نمود :
«پس از ديپلم دو سفر، بدون گذرنامه به عراق‌، رفتم و دو سفر هم با گذرنامه به عراق‌، و سوريه‌، و لبنان‌، رفتم‌. در يكي از سفرها نزد شهيد عزيز دكتر چمران‌، مقداري مسائل نظامي را آموختم‌.»
احمد از همان روزهاي آغازين تبعيد امام در پي آن بود تا در اولين فرصت به محضر پدر بشتابد و تكليف را از او بجويد. نخست‌، راهي به ذهنش خطور كرد:
«آمدم تهران‌، و تيم شاهين‌ ، دعوتم كرد. راستش خواستم به وسيله آن تيم از ايران خارج شوم و بعد برنگردم‌، ولي انتخاب نشدم و به حق كه انتخاب نشدم‌، چون سايرين بهتر از من بودند چون در اين مسئله شكست خوردم‌، آن وقت خودم دست به كار شدم‌...»
پس از اين ماجرا در اواخر سال 1344 ش تصميم گرفت از طريق قانوني و با اخذ گذرنامه به همراه برخي از اعضاي خانواده عازم عراق‌، گردد. ساواك در اين خصوص گزارش كرده است :
«ايشان به اتفاق ساير اعضاي خانواده خميني به استثناي شهاب اشراقي‌، تقاضاي گذرنامه كرده‌اند كه احمد خميني به مناسبت اينكه مشمول است تاكنون موفق به اخذ گذرنامه نشده‌.»
ساواك قم طي نامه‌اي به ساواك استان تهران‌‌، ضمن ارائه مشخصات كامل سيد احمد اعلام داشت :
«نامبرده مشمول ديپلمه است و به همين جهت صدور گذرنامه عراق‌، براي او اشكال دارد. اكنون مي‌خواهند او را طلبه معرفي نموده و به‌عنوان معافيت طلاب گذرنامه اخذ كند در صورتي كه فارغ‌التحصيل دبيرستان قم است‌. ضمناً احتمال اينكه از طريق غيرمجاز به عراق‌، برود نمي‌رود.»
متعاقب اين نامه سرهنگ علي‌اكبر مولوي‌، رئيس ساواك تهران و همان كسي كه فرماندهي كماندوهاي حمله‌كننده به مدرسه فيضيه را در دوم فروردين 1342 به عهده داشت‌، موضوع را طي نامه‌اي به اطلاع اداره كل سوم ساواك رساند و آن اداره نيز به نوبه خود ساير بخشهاي مربوطه نظير اداره كل نهم و شهرباني كل كشور را در جريان امر قرار داد. چندين فقره بخشنامه و دستورالعمل‌هاي مشابه در همين خصوص در پرونده سيداحمد به چشم مي‌خورد كه از يك سو حاكي از حساسيت بالاي ساواك نسبت به خروج وي از كشور است و از سوي ديگر بيانگر سردرگمي و ناتواني دستگاه امنيتي رژيم در مقابل فراست و تاكتيك به كار برده شده از سوي فرزند برومند امام‌. چه اينكه او با اقدام خود براي گرفتن گذرنامه‌، در واقع مأموران امنيتي رژيم را سرگرم نمود و هنگامي ساواك مركز از سفر احمد به عراق‌،  خبردار شد كه وي از عراق‌،  برگشته بود. ساواك همدان‌، در تاريخ 22/5/45 يعني چند ماه بعد طي نامه‌اي اعلام داشت :
«روز گذشته سيداحمد خميني فرزند آيت‌الله خميني از عراق‌، وارد و در منزل شهاب‌الدين اشراقي‌، سكونت اختيار نموده است‌.»
سيداحمد چگونگي سفر خود به عراق‌،  را پس از دستگيري در بازگشت از سفر دوم اينگونه بيان داشت‌:
«بار اول از طريق آبادان‌،  و باز مانند اين بار در مدرسه قائميه‌،  قائميه رفته و از آنجا به وسيله عبدالجاسم‌، مرا بردند كه گفتند از زيردستان محمد سلطان‌، و محمدسلطان را من نديدم ولي مي‌گويند او رئيس بقيه است و در آبادان‌،  مغازه دارد. نمي‌دانم چه مغازه‌اي و مدت مسافرت مثل اين مرتبه بود. يعني نزديك‌هاي عيد رفتم و بعد هم براي اين موقع برگشتم‌. آن مرتبه از طريق آب با كشتي مرا با صد نفر ديگر بردند ولي من تنها بودم يعني كسي حاضر نيست با من مسافرت كند چون من پسر حضرت آيت‌الله هستم و مردم مي‌ترسند. يك هفته تقريباً توي راه بوديم و بعداً در چند فرسخي نجف پياده شده سوار ماشين شده و به نجف رسيديم‌.»
احمد در ايام نخستين اقامت كوتاهش در نجف اشرف‌، (در سال 44 ـ 45) فراگيري معارف ديني را آغاز كرده و از محضر امام و برادر ارجمندش كسب فيض نمود. به يك باره جداشدنش از عالم ورزش و روي آوردن به تحصيل علوم اسلامي كمي برايش سخت بود، به همين جهت به دنبال انيس و همدمي بود كه او را همراهي كند. آقاي كاظم رحيمي‌، در اين‌باره مي‌گويد:
«حاج احمد آقا فوتبال را گذاشته بود كنار و رفته بود به نجف‌، ولي هنوز روحاني نشده بود. به خاطر انس زيادي كه باهم پيدا كرده بوديم احمدآقا دائماً پيغام مي‌داد كه بيا. ايشان جلوتر از من رفته بود. در آنجا تنها بود و دوست و هم سن و سالي نداشت و دلتنگ شده بود و مكرر از من مي‌خواست كه كاري كنم‌. وسيله رفتنم را خود حاج احمد آقا فراهم كرد. فردي در خرمشهر، بود كه بدون گذرنامه مسافر مي‌برد و من به وسيله او به طريق خاصي به نجف رفتم و مدتي آنجا بودم‌.»
مدت اقامت احمد در نجف حدود پنج ماه به طول انجاميد. پس از آن ـ و طبعاً بنا به توصيه حضرت امام ـ كانون گرم خانواده را به قصد انجام رسالتش در ايران ترك گفته و مخفيانه به همراه دوستش آقاي كاظم رحيمي‌، راهي وطن شد. در مسير بازگشت در مرز خسروي‌، بازداشت و به ساواك قصرشيرين‌، منتقل شد. در بازجويي‌هايش زيركانه مأمورين را فريب داد. هويتش در مرز براي ساواك شناخته نشد. و بلافاصله آزاد گرديد. پس از آزادي از طريق كرمانشاه‌، و همدان‌، راهي قم شد. وي شرح ماجراي دستگيري خود را طي نامه‌اي براي مادرش توضيح داد. اين نامه كه قرار بود از طريق حجت‌الاسلام شيخ نصرالله خلخالي‌، به مادرش برسد به دست ساواك افتاد. گزارش اين نامه در سند سري ساواك تهران چنين است :
«شخصي كه نامش را احمد مصطفوي ذكر نموده ضمن ارسال نامه‌اي از قم به آدرس عراق‌، ( نجف اشرف )، شيخ نصرالله خلخالي‌، مطلبي به شرح زير نوشته است‌. صبح چهارشنبه با كاظم حركت و در مرز خسروي‌، 24 ساعت ما را نگهداشتند. البته در يك قهوه‌خانه ولي توي خيابان آزاد ، بوديم‌. صبح پنجشنبه ما را كه به تعداد 43 نفر بوديم به ژاندارمري قصرشيرين‌، بردند. تعداد زيادي از اينها را در بغداد، كرده بودند. در آنجا چيزي نپرسيدند فقط اسم و فاميل و اسم پدر و شغل كه تمام را به غير از شغل كه گفتم كاسب‌، راست گفتم‌. به هر حال از ژاندارمري ما را به سازمان امنيت قصرشيرين بردند. در آنجا سؤالاتي از ما كردند كه تمام آنها دروغ گفته شد. مثلاً شغل گفتم كاسب‌. گفت چه كسبي‌؟ گفتم ميوه فروشي كجا؟ خيابان باجك‌، خانه شما كجاست‌؟ جنوب شهر . ديگر نروي‌. چشم‌. براي چه رفته بودي‌؟ زيارت‌. بفرماييد. ظهر كارمان تمام شد. با چهار نفر ديگر ماشين سواري دربست براي كرمانشاه‌، گرفتيم‌. عصر به كرمانشاه‌، رسيديم‌. شب در آنجا بوديم و صبح رفتيم همدان‌، با اينكه چند ساعتي در همدان‌،  بودم ولي منزل آقاي اشراقي ‌، را پيدا نكردم‌. و از آنجا به اراك و از اراك‌ ‌،  به قم رفتيم‌...»
ساواك مركز در ذيل اين گزارش چنين پي‌نوشت نمود:
«آقاي صابري‌ ‌، اين خبر و فتوكپي نامه را به ساواك قم ]داده‌[ و تذكر بدهيد سعي نمايند نامبرده را شناسايي كنند. سوابق احمد مصطفوي ]را[ قبلاً از فيش استعلام نمايند ـ رونوشت اطلاعيه را به ساواك كرمانشاه‌، بدهيد و توجه بدهيد كه دقت بيشتري در مصاحبه با اشخاص معمول گردد و مشخصات اين شخص با استفاده از دفاتر مرزي و آمار گذرنامه و غيره خواسته شود.»
در پي اين گزارش ناصر مقدم مديركل اداره كل امنيت داخلي ساواك طي نامه‌اي به رؤساي ساواك‌هاي قم و همدان‌،  مطالب ذيل را گوشزد نمود:
«نامبرده بالا در هفته گذشته از عراق‌،  به قم مراجعت و پس از ورود به قم جهت ملاقات شهاب‌الدين اشراقي‌، به همدان‌،  رفته‌. ضمن اينكه آن ساواك گزارشي در اين مورد نداده‌، استنباط مي‌شود كه مشاراليه جهت انجام مأموريت‌هايي به ايران آمده از جمله نامه‌اي كه فتوكپي آن ضميمه مي‌باشد جهت شيخ نصرالله خلخالي‌، به عراق‌، ارسال داشته و ضمن آن مسائلي را مطرح كرده كه حائز اهميت بوده‌... علي‌هذا خواهشمند است دستور فرماييد اعمال و رفتار مشاراليه دقيقاً تحت كنترل قرار داده و هدف از آمدن وي به ايران روشن گردد...»
احمد پس از بازگشت از عراق‌،  تلاش خستگي‌ناپذير خود را در تحصيل علوم ديني در حوزه علميه قم‌، ادامه داد. شركت در جلسات درس و مباحثه بخش عمده‌اي از وقت وي را در برمي‌گرفت‌. ديدار از خانواده‌هاي زندانيان سياسي و افراد تبعيدي‌، انتقال پيامها، سفارشها و تذكرات امام به منسوبين‌، مبارزين و نمايندگان امام در ايران يكي از كارهاي اصلي و اساسي وي بود. حجت‌الاسلام والمسلمين هاشمي رفسنجاني‌، در اين خصوص مي‌گويد:
«در جريان مبارزه كه احمد آقا وارد شده بود، بعد از اينكه امام را تبعيد كردند و حاج آقا مصطفي‌ ، را هم تبعيد كردند، طبعاً ما نزديك‌ترين و طبيعي‌ترين وسيله‌مان براي ارتباط با امام‌، احمد آقا بود. دائماً هم كار داشتيم‌، يا مي‌خواستيم نظر امام را در مسائل بدانيم يا مي‌خواستيم پيغامي به امام بدهيم‌. البته راههاي مختلفي براي اين منظور بود ولي بهتر از همه راهي كه خيلي مطمئن عمل مي‌شد احمد آقا بود.»
حجت‌الاسلام والمسلمين مهدي امام جماراني‌ ، يكي از دوستان و همراهان قديمي ايشان درباره گستره فعاليت‌هاي سياسي وي و ويژگي خاص اين قبيل فعاليت‌ها كه لازمه مبارزات سياسي است و بايد به آن توجه داشت چنين مي‌گويد:
«من از همان ايام نوجواني ايشان‌، اطلاع داشتم كه افراد مبارزي كه در گوشه و كنار بودند، ارتباطاتي با احمد آقا داشتند. ارتباطات به صورت مختلف بود. اولاً هركدام از اينها يك ارتباطي با احمد آقا داشتند كه ديگري از اين ارتباط خبر نداشت‌، ما خيال مي‌كرديم كه فقط كساني كه در زمينه اعلاميه‌ها و بردن و پخش كردن و چاپ كردن آنها هستند با حاج احمد آقا مربوطند ولي بعدها فهميديم كه خير...»
حجت‌الاسلام سيداحمد خميني در اواخر سال 1345 دوباره عازم عراق‌، گرديد. اين بار نيز مخفيانه از طريق خرمشهر، به آن سوي مرز رفت و پس از يك هفته مخفي‌كاري و طي طريق‌، خود را به نجف اشرف‌، كه قبله‌گاه مبارزين گرديده بود رساند:
«تاريخ درست آن يادم نيست ولي مي‌دانم كه تقريباً چند روزي پيش از عيد بود. عبور من غيرمجاز و به وسيله يكي از قاچاقچيان به نام علي كه فكر مي‌كنم اهل اصفهان باشد رفتم از مرز خرمشهر، و مقدار 4100 ريال دادم و به وسيله ماشين رفتم‌، كسي همراهم نبود و من تنها بودم‌. محل قاچاقچيان در آبادان‌، معلوم است‌. در مدرسه قائميه‌، بعدازظهر مرا حركت دادند مقدار چند ساعتي بيشتر در آبادان‌، نبودم و در خرمشهر، اصلاً توقفي نداشتم و از آنجا مرا حركت دادند.»
وي كه اين بار نيز به صورت ناشناس و با عمامه سفيد به عراق‌، رفته بود، بنا به توصيه امام چند روزي را از منزل خارج نشده تا لباس مناسب شامل عبا، قبا و عمامه‌اي سياه رنگ برايش تهيه شود. حجت‌الاسلام سيداحمد خميني اينك پس از آن كه توسط امام به لباس مقدس روحانيت ملبس گرديد بيش از پيش مسئوليت يافته تا رابط رهبري انقلاب با مبارزين مسلمان در داخل كشور باشد. از اين‌رو پس از چندي با ره‌توشه‌هايي گرانبها و پيامهاي مبارزاتي امام به ايران‌‌،  رهسپار شد. آيت‌الله سيدمحمد موسوي بجنوردي مي گويند :
«يگانه رابطي كه محرم‌ترين كس به امام راحل بود، برادر بزرگوار ما حاج احمد آقا بود و امام راحل پيامهاي خصوصي را به ايشان مي‌دادند تا او به شخصيت‌هاي علمي حوزه و شخصيت‌هاي مبارز و غيره منتقل كند. رسيدگي به خانواده زندانيان را با دقت زيادي انجام مي‌داد. همچنين براي اعلاميه‌ها و سخنراني‌هايي كه امام راحل در نجف داشتند، باز ايشان رابط بودند...»
اين بار نيز به هنگام عبور از مرز در فصلي كه گرماي جنوب بيداد مي‌كند، در روز هشتم تير 1346 توسط مأمورين عراقي دستگير و به مأمورين مرزي ايران تحويل داده شد.
در اسناد ساواك آمده است :
«ساعت چهارونيم صبح با ماشين اتوشهپر از كاظمين‌، حركت كردم‌. ساعت 10 صبح به مرز خسروي‌، رسيدم‌. بعد از يك شبانه‌روز توقف به مرزباني و بعداً مرا در سازمان امنيت شناخته و در همانجا بودم‌. ناهار آنجا خورده و مرا به مرزباني انتقال دادند چون جمعه بود در مرزباني ماندم و از آنجا صبح شنبه به كرمانشاه‌، در سازمان كرمانشاه‌، تا ظهر بودم و از آنجا مرا به تهران‌، در خيابان شميران‌ ، و از آنجا به اينجا انتقال داده شدم‌.»
بخشنامه‌ها و آموزش‌هاي قبلي مأموران ساواك سبب شد تا وي پس از بازجويي و بازرسي بدني در ساواك قصرشيرين‌، شناسايي و مراتب به ساواك مركز گزارش شود. موضوع به اطلاع سپهبد نصيري‌،  رئيس ساواك رسيد. وي دستور انتقال او را به مركز صادر نمود. بلافاصله وي را از قصر شيرين‌ ، به تهران‌‌، منتقل و در زندان قزل‌قلعه‌، محبوس نمودند. شيخ محمد جعفري در جمع دوستانش به نقل از پدرش آيت‌الله شيخ غلامحسين جعفري‌، كه در آن مقطع در زندان قزل‌قلعه‌، بازداشت بود چنين اظهار داشته :
«پدرم از زندان برايم نوشت كه پسر خميني در قزل‌قلعه به طور انفرادي بازداشت مي‌باشد من هم آن نوشته را بردم به سيد صادق لواساني‌، دادم‌.»
مادر فداكار و دلسوخته حجت‌الاسلام سيد احمد خميني از خاطرات آن روزها چنين ياد مي‌كند:
«... من يك سال در ميان به ايران مي‌آمدم‌، وقتي به ايران آمدم‌، شنيدم كه در زندان قزل قلعه‌، است‌. يك روز براي ملاقات با او به زندان قزل‌قلعه‌، رفتيم‌. نگذاشتند داخل زندان بروم‌. او را آوردند بيرون‌. در يك حياطي خارج زندان روي يك نيمكتي او را ديدم‌، خيلي ضعيف شده بود. پرسيدم‌. غذا چطوره‌، يا جايتان چطور است‌؟ گفت : بد نيست‌. من ديگر سؤال نكردم‌. او را بعد از چند ماه آزاد كردند. چيزي از او نتوانستند پيدا كنند به قم برگشت و در بيروني آقا مستقر شد. اين دفعه معمم بود و زندان هم رفته بود و آزاد و علني در بيروني مشغول رفت و آمد شد. بعد از چند روز از طرف ساواك آمدند و تمام كتابها و اثاث و آنچه كه كاغذ مانند بود از خانه ما جمع كردند و بردند.»
رئيس اداره كل سوم ساواك از طرف سپهبد نصيري‌، رئيس كل ساواك در تاريخ 1/4/46 طي نامه‌اي به دادرسي نيروهاي مسلح شاهنشاهي‌، خواستار صدور قرار تأمين گرديد. متعاقب اين درخواست در تاريخ 13/4/46 قرار بازداشت موقت وي صادر و به زندان قزل قلعه‌، و ساير مراكز مربوطه ابلاغ گرديد و مورد موافقت دادستان كل ارتش نيز قرار گرفت‌.
حجت‌الاسلام سيداحمد خميني در زندان قزل‌قلعه‌، مورد بازجويي قرار گرفت‌. در بازجويي با زيركي و فطانت خاص خود از بيان هرگونه مطلبي كه ساواك را در مورد اقامت او در ايران حساس كند خودداري كرد. پاسخ‌هايش در همان حدي بود كه در ضمن بازجويي مطمئن شد بازجو از آن اطلاع دارد و يا مدركي در اختيار دارد. در مواردي كه از مسافرتها، تماسها و مصاحبت‌هاي او سؤال شد او به عادي‌سازي مطلب پرداخته و اسامي افراد را به صورت مبهم و بدون مشخصات قابل شناسايي بيان داشت‌. بازجو پس از طرح سؤالات مختلف و شنيدن پاسخ‌هاي وي در اواخر بازجويي خطاب به ايشان ابراز داشت :
«شما از بيان حقايق خودداري مي‌فرماييد و تا حد مقدور كتمان حقيقت مي‌نماييد. با اينكه در ابتداي بازجويي تذكر داده شد به سؤالات جواب كامل داده و آنچه اتفاق افتاده است تشريح نماييد مع‌الوصف به توصيه مزبور عمل ننموديد...»
بازجوي ساواك در پايان كار خود طي نامه‌اي با عنوان گزارش بازجويي در ذيل عنوان گردش كار چنين آورده است :
«طبق محتويات پرونده و مدارك موجود نامبرده ضمن مسافرت‌هاي غيرمجاز به عراق‌، و تماس با روحانيون افراطي و مخالف دولت اخبار و شايعات ناصحيحي را در اختيار متعصبين مذهبي و طرفداران آيت‌الله خميني‌،  قرار داده و بدينوسيله افكار و عقايد آنان را عليه دولت تحريك مي‌نمود...».
حجت‌الاسلام سيداحمد خميني نزديك به دو ماه در زندان قزل‌قلعه‌، بود. طي اين مدت تلاش‌هايي براي آزادي وي صورت پذيرفت‌. آيت‌الله العظمي سيدمحسن حكيم‌، با ارسال نامه‌اي براي آيت‌الله ميرزا عبدالله تهراني (چهلسوتي‌) خواستار پي‌گيري ايشان براي آزادي فرزند امام شدند. اداره كل سوم ساواك نظريه خود را در مورد تبديل قرار وي به شرح ذيل براي رياست ساواك ارسال نمود:
«باتوجه به اينكه از شخص مزبور سوابق مضره‌اي موجود نمي‌باشد. در صورت تصويب نسبت به تبديل قرار تأمين و آزادي وي اقدام گردد. موكول به رأي عالي است‌.»
نصيري‌،  رئيس ساواك ضمن موافقت با نظريه فوق براي بهره‌برداري هر چه بيشتر از اين اقدام دستوراتي به شرح ذيل صادر نمود:
«خبر براي روزنامه‌ها تهيه شود كه سيداحمد فرزند خميني كه در نجف ساكن است به وسيله مأمورين عراقي در تاريخ 8/4/46 به مأمورين مرزي ايران تحويل شد. طبق تحقيقاتي كه انجام شده نامبرده دو مرتبه بدون در دست داشتن گذرنامه به طور قاچاق تاكنون از مرز ايران‌‌،  عبور كرده و در نتيجه به وسيله مأموران عراقي به اتفاق‌... كه به طور قاچاق عبور كرده بودند تحويل شده‌اند.»
روزنامه‌هاي كيهان‌ ، و اطلاعات‌ ‌،  مورخ 23/5/46 عيناً نظريه رئيس ساواك را به عنوان خبر مطبوعاتي چاپ كردند؟! فرداي آن روز يعني در تاريخ 24/5/46 فرزند برومند امام خميني‌، از زندان قزل‌قلعه‌، آزاد و چند روز بعد راهي قم شد.
ساواك مركز طي تلگرافي خيلي محرمانه به ساواك‌هاي قم و تهران با تذكر اين نكته كه مشاراليه جهت انجام مأموريت‌هايي به ايران‌ ‌، آمده‌، دستور داد :
«اعمال‌، رفتار و تماسهاي وي را به نحو كاملاً غيرمحسوس تحت نظر قرار داده و در صورت مشاهده هرگونه فعاليت مشكوكي مراتب را اعلام دارند.»
از آنجا كه سياست كلي رژيم در اين مقطع تاريخي ارائه وضعيتي آرام و با ثبات از كشور بوده و پيوسته در صدد ترسيم چهره‌اي بدون مشكل براي خود بود، در مورد دستگيري و بازداشت فرزند امام نيز سعي بر علني كردن آن نداشت‌. اگرچه به تدريج خبر آن منتشر شد. ضمن آن كه ساواك در تحليل خود به اين نتيجه رسيد كه اقامت ايشان در عراق‌، به نفع رژيم است :
«سيد احمد خميني كه سابقاً دانش‌آموز بوده و اخيراً به لباس روحانيت درآمده و روي اين اصل و باتوجه به موقعيت پدرش وجهه‌اي در حوزه علميه قم‌، كسب نموده و عزيمت وي به ايران و قم باعث نزديكي و علاقه‌مندي بيشتر طلاب به وي مي‌گردد و امكان دارد نامبرده در قم به اتفاق طرفداران پدرش دست به يك سلسله فعاليت‌هاي خلاف بزند و اصلح است اعمال و رفتارش دقيقاً تحت كنترل قرار گرفته و چنانچه وي به نجف عزيمت و در آنجا اقامت نمايد به صلاح خواهد بود...»
بر مبناي تحليل فوق ساواك تصميم گرفت با ايجاد محدوديت‌هاي فراوان نظير كنترل و تحت مراقبت قرار دادن رفت و آمدهاي وي‌، نظارت و كنترل افراد تماس گيرنده‌، كنترل كليه مكاتبات پستي و تلفني عرصه را بر فرزندان امام تنگ نموده تا وي به درخواست خود كشور را ترك نمايد. و به همين جهت است كه هنگامي كه ايشان تقاضاي صدور گذرنامه براي عزيمت به عراق‌، عراق نمود با آن موافقت نمودند. نمونه‌اي از مراقبت‌هاي ساواك از ايشان كه در اسناد به كثرت مشاهده مي‌شود در ذيل ارائه مي‌گردد:
«نامبرده بالا ساعت 4 صبح روز 27/5/46 به قم وارد و در منزل پدرش واقع در يخچال قاضي‌، سكونت نمود. ساعت 10 صبح روز 28/5/46 عدة زيادي از طلاب و روحانيون به ديدن وي رفتند و...»
«در تاريخ 3 شهريور در ساعت 9 صبح آقاي سيداحمد مصطفوي با آقاي آشيخ حسن صانعي‌، جهت بازديد آقاياني كه به ديدن آسيداحمد آمده‌اند شروع كرده‌اند و اول به منزل آقاي علامه طباطبايي رفته‌اند...»
عليرغم محدوديتهاي ذكر شده هيچ‌گاه در روند فعاليت‌هاي ايشان خللي ايجاد نشد و او كه بنا به فرمان پدر به ايران بازگشته بود خود را از قبل براي تمامي اين سختي‌ها آماده كرده‌، انتظار بيش از آنچه اتفاق مي‌افتاد را داشت‌.
 پس از تبعيد امام خميني‌، به منظور زنده نگه‌داشتن ياد و نام وي‌، پيوسته در منزل ايشان مراسم برگزار و در اين مجالس كه به مناسبت‌هاي مختلف برگزار مي‌گرديد، سخنرانان ضمن صحبت‌هاي خود با ذكر نام امام خميني‌، ياد و خاطره وي را زنده و گرامي مي‌داشتند. ساواك قم در تاريخ 19/6/46 گزارش يكي از اين جلسات را اين‌گونه به مركز ارسال نمود:
«از ساعت هشت صبح روز فوق به مناسبت وفات حضرت زهرا (س‌)، جلسه روضه‌خواني در منزل خميني برگزار و عده زيادي از مردم در آن شركت نموده بودند. در مجلس مذكور آقايان پسنديده‌،  برادر، سيداحمد مصطفوي پسر خميني‌، شيخ علي‌اكبر اسلامي‌، عبدالرحيم رباني شيرازي‌، شيخ محمود توكلي (يزدي‌)، محمدعلي گرامي‌، حاج سيدجواد گلپايگاني‌، پسر آقاي گلپايگاني نيز حضور داشتند. ساعت نه صبح سعيد اشراقي‌، به منبر رفت و درباره علم و روحانيت صحبت نمود و ضمن تجليل از خميني گفت مردم بايد قدر روحانيت را بدانند و مرجع تقليد خود يعني حضرت آيت‌الله خميني را بيشتر بشناسند (صلوات مردم‌) وي افزود مرحبا بر احساسات گرم شما مردم نسبت به مرجع تقليدتان‌...»
وقتي مأموران ساواك ديدند كه برخلاف تصور اوليه آنها فشارها و ايجاد محدوديت‌ها منجر به فراموشي نام امام نشده بلكه با وجود همه مخاطرات مردم عشقشان را به مرجع و مقتدايشان به هر وسيله‌اي ابراز مي‌دارند بخصوص از زماني كه فرزند امام تلاش خود را براي فعال نمودن منزل امام در قم افزايش داد تصميم به جلوگيري از برپايي اين مجالس گرفتند. ساواك مركز طي دستوري به ساواك قم نوشت :
«... به فرموده چون آيت‌الله خميني‌،  در قم نيست لزومي ندارد در منزل وي روضه‌خواني شود خواهشمند است دستور فرماييد در اجراي اوامر صادره از طريق شهرباني محل نسبت به جلوگيري از جلسات روضه‌خواني در منزل نامبرده اقدام و نتيجه را اعلام نمايند.»
در راستاي همين اقدامات است كه دستور يورش به منزل امام خميني‌، در قم و بازرسي از آن صادر شد:
«ساعت 10 صبح روز 22/8/46 امضاكنندگان زير با حضور آقاي علي‌اكبر آزاد، نماينده دادسراي شهرستان قم‌،  به منزل آقاي حاج آقا روح‌الله خميني واقع در يخچال قاضي‌، رفته و تا ساعت 13 روز مزبور كليه كتب و اوراق موجود در منزل مشاراليه طبق سياهه پيوست با حضور آقايان سيداحمد مصطفوي فرزند آقاي خميني و شيخ علي‌اكبر اسلامي‌، و شيخ حسن صانعي ، جمع‌آوري و ضبط گرديده و كليه كتب و اوراق مزبور كلاً تحويل ساواك قم گرديد.»
حجت‌الاسلام سيد احمد خميني ماجراي يورش به منزل امام را چنين توصيف مي‌كند:
«... احمد خميني اضافه كرد كه چند روز قبل مشغول مهر زدن كتاب‌هاي پدرش بوده تا كتابخانه‌اي تأسيس نمايد كه مأمورين سازمان به منزلش ريخته و تمام كتابها را ضبط كردند و از وي خواستند تا صورت جلسه را امضا كند و چون اين كار را انجام نداده لذا او را به سازمان برده و در آنجا مجبور كردند صورت جلسه را امضا نمايد...»
با همه سختگيريها و ايجاد محدوديت‌هايي كه ساواك توسط عوامل شهرباني در خصوص رفت و آمد و تردد به منزل امام خميني‌، صورت داد حجت‌الاسلام سيداحمد خميني با برنامه‌ريزي دقيقي موفق شد با تشكيل جلسات شبانه به امور منزل امام بپردازد. خود در اين باره مي‌گويد :
«مدتي طولاني با گماردن مأمورين شهرباني و امنيتي از ساعت 7 صبح‌ تا 8 شب و براي مدتي نيز تا 11 شب به طور رسمي از تردد روحانيون و مراجعين به منزل امام جلوگيري مي‌شد. در اين ايام ما صبر مي‌كرديم ساعتي بعد از تمام شدن كشيك مأمورين‌، ياران امام از طرق مختلف و منازل مجاور در آنجا گردهم مي‌آمدند و مسائل‌مان را دنبال مي‌كرديم و قبل از طلوع آفتاب متفرق مي‌شديم‌...»
ساواك قم در گزارش به ساواك مركز در تاريخ 9/2/47 به اين موضوع اشاره دارد:
«ساعت 30/10 روز 6/2/47 سيداحمد فرزند خميني ضمن صحبت خصوصي اظهار داشت شب‌ها از ساعت 8 به بعد در منزل ما رفت و آمد به‌طور آزادانه صورت مي‌گيرد و جلسات برقرار است و از يكي از طلاب حوزه علميه قم‌، دعوت نمود كه در آنجا شركت نمايد.»
با تأكيد و پي‌گيريهاي مكرر اداره كل سوم ساواك مستقر در مركز مبني بر مراقبت بيشتر از منزل امام‌، ساواك قم در گزارش مورخ 30/2/47 به افزايش ساعات مراقبت اشاره دارد:
«به‌طور كلي مراقبت از منزل خميني‌ (امام‌)، وسيله مأمورين شهرباني قبلاً تا ساعت 8 شب ادامه داشته و پسر نامبرده چندين شب از ساعت هشت شب به بعد از فرصت استفاده و با باز گذاردن درب منزل شروع به تشويق ايادي و تجمع آن‌ها در منزل نموده كه پس از اطلاع مراقبت مستمر و مداوم تا ساعت 11 شب از منزل وي ادامه دارد و به احمد پسر خميني نيز تذكرات لازم در اين خصوص داده شده است‌.»
در گزارشي مشابه هنگامي كه يكي از طلاب حوزه علميه قم‌، در ساعت 22 پاسباني را كه رفت‌وآمدها را كنترل مي‌كرد، در مقابل منزل امام مشاهده مي‌كند، موضوع را با فرزند امام در ميان مي‌گذارد. ايشان در پاسخ مي‌گويد :
«اينها نمك آش مبارزه است من راهي را مي‌روم كه پدرم و برادرم رفته‌اند و اين ناراحتي‌ها برايمان تأثيري ندارد.»
روز به روز بر شدت فعاليت حاج احمدآقا افزوده مي‌شود. شركت در جلسات و هيأت مذهبي‌ و ارائه رهنمود به آنها، برگزاري جلسات مشترك با روحانيون مبارزي نظير شهيد آيت‌الله سيدمحمدرضا سعيدي‌، توزيع مرتب شهريه امام در بين طلاب با وجود همة كارشكني‌هاي ساواك و... از جمله فعاليت‌هايي است كه از ديد مأموران ساواك مخفي نمانده و در گزارشهاي آنان مذكور افتاده است‌. البته فعاليت‌هاي بسياري نيز صورت مي‌گرفت كه به جهت رعايت اصول پنهان‌كاري‌، ساواك هرگز متوجه آنها نشد:
«... در مدتي كه قم بودم مثل ساير طلاب در رساندن اعلاميه‌هاي امام و يا اعلاميه‌هايي عليه دولت و رژيم سابق به مردم تلاش مي‌كرديم‌، تا كم‌كم به اين فكر افتادم كه احتياج به وسايل تكثير داريم‌. آمدم پيش آقاي هاشمي‌‌،  در تهران‌. او توسط آقاي توكلي يك دستگاه فتوكپي برايمان تهيه كرد و من قبلاً اتاقي را در منزل يكي از آشنايانمان اجاره كردم و آنجا مشغول كار شديم‌.»
خانم فاطمه طباطبايي همسر ايشان در اين باره مي‌گويد :
«... حاج احمد آقا در دوران تبعيد حضرت امام اعلاميه‌هاي ايشان را به طرق مختلف دريافت مي‌كرد و سپس به تايپ و تكثير آنها مي‌پرداخت و با شيوه‌هاي بسيار هوشمندانه‌، آنها را به گروههاي مبارز مي‌رساند. از آنجا كه گروههاي مبارز در آن دوران به صورت مخفي فعاليت مي‌كردند ايجاد ارتباط با آنها و جلب اعتمادشان كار بسيار مشكلي بود اما احمد آقا كه از هوش سرشاري برخوردار بود اين كار را به شايستگي انجام مي‌داد...»
ساواك شواهد و قرائني برانجام فعاليت‌هاي سياسي توسط فرزند برومند امام داشت ولي تا آن زمان به هيچ‌گونه مدركي دست نيافته بود. لذا برآن شدند كه با مراقبت بيشتر به كشف ارتباطات ايشان و ريز فعاليت‌هايش دست يابند. اداره كل سوم ساواك طي نامه‌اي به ساواك قم نوشت :
«اطلاعات واصله حاكي است نامبردگان بالا به منظور به ثمر رساندن اهداف مضره خود با پاره‌اي از عناصر افراطي در تماس مي‌باشند خواهشمند است دستور فرماييد با استفاده از تمام امكانات موجود اعمال و رفتار و تماسهاي سيداحمد خميني را تحت مراقبت قرار دهند و مكاتبات مشاراليه و تلفن او را كنترل و نتيجه را مستمراً منعكس سازند.»
همزمان با اين دستورالعمل و به منظور عادي‌سازي‌، به دستور ساواك‌، پست مراقبت و نگهباني آشكار از منزل امام برچيده شد و از آن پس مراقبت به شكل نامحسوس انجام گرفت‌. ساواك با به كارگيري شيوه‌هاي مختلف اطلاعاتي در صدد دستيابي به مدارك مستند بود كه به بعضي سر نخها نيز دست يافت‌:
«از كساني كه ابتدا با ما بوده آقاي موسوي خوئيني‌، و آقاي واحدي است (همان كه روزنامه كيهان‌ ،  مشغول كار است‌) كم‌كم كارمان وسعت پيدا كرد و جايمان تنگ شد منزلي در نزديكي منزل امام در قم به نام آقاي واحدي‌‌، خريديم‌. پول آن را با التماس از اين و آن تهيه كرديم‌. زيرا آقاي پسنديده‌، تا از كم و كيف قضيه مطلع نمي‌شدند پول نمي‌دادند. و مطلب را هم كه نمي شد بگويي‌. اين منزل دست‌وبالمان را باز كرد. آقاي موسوي خوئيني‌ها ،كه خود با گروههاي ديگر هم ارتباط داشت‌، يك دستگاه ماشين تكثير برايمان تهيه كرد، قبلاً از ماشينهاي ساده‌تري استفاده مي‌كرديم‌. آقاي موسوي خوئيني‌، دستگير شد. توسط خانمشان به من خبر داد كه ايران را ترك كنم‌. مدت پانزده روز رفتم پاكستان‌، اتفاقاً آقاي هادي قم بود اوضاع پاكستان‌، را از او پرسيدم‌، البته بدون اينكه ايشان مطلع شود كه چه مي‌خواهم بكنم‌. بلافاصله با آقاي منتظري‌‌، هم تماس گرفتيم‌. آمد مرز ايران و پاكستان‌، اين دو هفته‌اي كه پاكستان‌، بودم تجربه‌هاي خوبي كسب كردم‌. در مراجعت آقاي واحدي را از كم و كيف قضيه مطلع كردم و در ضمن شخصي به ما معرفي شد تا در ايران‌،  به وسيله او با گروهي ديگر همكاري نماييم‌. اتفاقاً ما مشغول چاپ كتاب «در خدمت و خيانت روشنفكران جلال بوديم‌.»
برداشتن پست مراقبت آشكار شهرباني از مقابل منزل امام خميني‌، و تبديل آن به مراقبت نامحسوس بار ديگر منجر به افزايش تردد علما و افراد مبارزبه منزل و گسترش فعاليت آنان گرديد:
«به قرار اطلاع همه روزه در منزل خميني روضه‌خواني برقرار و رفت و آمد مردم به منزلش همچنان ادامه دارد. ضمناً اشخاصي كه سهم امام خود را بابت خميني‌ (امام‌)،  تاكنون به طور مخفيانه به ديگران پرداخت مي‌كردند از موقع حضور پسر خميني در قم‌، مردم اين وجوه را به‌طور آزادانه به نامبرده پرداخت مي‌نمايند.»
ساواك به منظور جلوگيري از گسترش فعاليتها، مجدداً از اجراي مراسم روضه‌خواني در منزل امام جلوگيري كرد و از برگزاري هرگونه جلسه‌اي در منزل امام ممانعت به عمل آورد. كليه رفت و آمدها به صورت آشكار مراقبت و حساسيت نسبت به حاج احمد نيز فزوني يافت‌. گزارش لحظه به لحظه مسافرت وي به شهرهاي مختلف و ارتباط با علما و طلاب آنجا،كليه تماسها و مراودات وي با افراد مختلف در قم به ساواك مركز مي‌رسيد. در يك مورد ساواك مركز با ارسال نامه‌اي به ساواك قم آنها را متهم به كم‌كاري و عدم اطلاع از كليه تحركات حاج احمد نمود و ضمن تذكر، دستور مراقبت بيشتر نسبت به وي را صادر نمود.
ساواك قم در گزارش مورخ 24/6/49 كه با عنوان «عاملين پخش اعلاميه خميني‌» براي مركز ارسال داشت‌، شهيد محمد منتظري‌، را عامل اصلي و حاج احمد را به‌عنوان كسي كه با وي در تماس است معرفي نمود. در گزارش ديگري به اجتماع بيش از 300 نفر از طلاب مدرسه فيضيه قم‌، در مقابل صحن مطهر حضرت معصومه (س‌) در تاريخ 22/10/50 اشاره شده است‌. در اين اجتماع شعارهايي به طرفداري از امام خميني‌، داده شد. در انتهاي اين گزارش آمده است :
«شايع است كه احمد خميني فرزند خميني در اين تظاهرات شركت داشته است‌»
در ذيل اين گزارش پي‌نوشت شده :
«در مورد دخالت احمد خميني تحقيق شود.»
ساواك پس از تحقيقات گسترده‌اي به اين نتيجه مي‌رسد كه وي به‌طور مستقيم در تظاهرات شركت نداشته ولي به صورت غيرمستقيم دخالت داشته است‌:
«محركين اصلي ايجاد اغتشاشات اخير در قم عبارتند از سيداحمد خميني پسر خميني‌، سيد محمدباقر سلطاني‌‌،  پدر زن سيد احمد، شيخ حسينعلي منتظري‌، ...»
يكي از اقدامات ساواك در مسير تضعيف موقعيت و جايگاه امام خميني‌، جلوگيري از پرداخت وجوهات شرعي به نمايندگان ايشان و ممانعت از پرداخت شهريه در حوزه‌هاي علميه بود. نقش برجسته حجت‌الاسلام سيداحمد خميني در ناكام ساختن ساواك در اين حركت جديد در اسناد كاملاً مشهود است‌. يورش به منزل امام و بازداشت دو تن از نمايندگان ايشان‌: آقايان حجج‌اسلام علي‌اكبر اسلامي‌ ،  و حسن صانعي‌ ،  بر اين اساس است‌. انتظار بيهوده ساواك قم را از اين اقدام پليسي در سند ذيل مشاهده مي‌كنيم‌:
«پس از بازرسي منزل خميني و عدم اجازه رفت و آمد به منزل وي‌، وضع پرداخت شهريه خميني به طلاب به صورت نامرتبي در آمده و مقسمين خميني‌‌،  از وضع موجود نگران و در حال حاضر براي پرداخت شهريه به طلاب شهرستانها و حفظ موقعيت قبلي يك نفر روحاني از هر شهرستان را انتخاب كه شهريه طلاب آن شهرستان را در قم پرداخت نمايد...»
ساواك قم در ادامه پيشنهاد دستگيري و بازداشت مقسمين شهريه را به منظور متلاشي نمودن تشكيلات آنان داد و نتيجه اين اقدام را چنين توصيف كرد:
«اين اقدام از هر جهت نتايج خوبي خواهد داشت و روحانيون ديگر نيز اين وظيفه را متقبل نخواهند شد و طبيعتاً در پرداخت شهريه خميني به طلاب تأخير حاصل و طلاب نيز به مرور به آيات ديگر خواهند گرويد.»
چند روزي از اين تصور و خيال خام نمي‌گذشت كه عجز خود را در برابر تدبير و تلاش فرزند امام نظاره كردند. ساواك تهران‌، در تاريخ 15/9/46 طي گزارشي به اداره كل سوم ساواك اعلام داشت :
«اخيراً چون منزل خميني در قم مورد بازرسي قرار گرفت و دفتر شهريه طلبه‌ها نيز ضبط گرديده بود لذا شهريه آنها توسط مقسمها و پسر خميني در مدارس ديني بين طلبه‌ها تقسيم مي‌گردد.»
با مرور زمان نه تنها از مقدار شهريه امام كاسته نشد بلكه روند رو به رشدي را طي نمود. به همين جهت ساواك اين بار دست به اقدام بيهوده‌تري زد. دستور شناسايي و كليه پرداخت‌كنندگان وجوه شرعيه به امام و عاملين جمع‌آوري آن و وكلاي شرعي امام‌، به ساواك‌هاي سراسر كشور ابلاغ شد:
«برابر اطلاعات واصله پرداخت شهريه امام در نجف و ساير حوزه‌هاي علميه از جمله قم رو به تزايد گذاشته و با آن همه محدوديتي كه به عمل آمده يادشده كماكان شهريه خود را پرداخته و حتي گفته مي‌شود وضع وي در حال حاضر به مراتب بهتر از زماني است كه در ايران‌‌،  به سر مي‌برده‌. عليهذا باتوجه به اهميت موضوع خواهشمند است دستور فرماييد با استفاده از كليه امكانات موجود نسبت به شناسايي افرادي كه به خميني وجوه شرعيه مي‌پردازند و همچنين عاملين جمع‌آوري و ارسال آن به عراق‌، اقدام و نتيجه را سريعاً به اين اداره كل اعلام دارند.»
سيد احمد خميني پس از مشورت با حضرت امام و ديگر اعضاي خانواده در تاريخ 11/7/1347 با دختر آيت‌الله سيد محمدباقر سلطاني طباطبايي‌،  كه از خاندان شريف و محترم روحانيت در قم بودند ازدواج نمود.
«نخستين روزي كه حاج احمد آقا به خواستگاري من آمدند پدرم درباره شخصيت ايشان گفتند: تو قرار است با آدمي ازدواج كني كه ممكن است زندگي آرامي نداشته باشد، يعني اينكه احمد فرد مبارزي است‌. او فرزند آيت‌الله خميني است كه طبيعتاً به پيروي از پدر گراميشان مبارزه خواهند كرد. در چنين وضعي بايد فكر كني و ببيني كه آيا آمادگي پذيرش چنين زندگي را خواهي داشت يا نه‌. امكان دارد هيچ مسئله‌اي پيش نيايد و زندگي آرامي داشته باشي‌.»
حاج احمد پس از ازدواج همچون گذشته فعاليت‌هاي مبارزاتي خود را ادامه داد. همسرش كه با آگاهي كامل مسير زندگي خود را انتخاب كرده بود هيچ‌گاه سد راه وي نشد. چه اينكه خواستگاري حاج احمد از وي مدتي پس از حادثة يورش مأموران ساواك به منزل شهيد حاج آقا مصطفي خميني‌،  كه منجر به سقط جنين همسر ايشان گرديد، بود. سختي و ظرافت كار در آنجا بود كه از بسياري از فعاليت‌هاي مبارزاتي ايشان حتي همسرش كه نزديك‌ترين فرد به وي بود، نبايد مطلع مي‌شد.
«يك بار به من گفت : اگر من نمي‌خواهم جزئيات كارهايي را كه مي‌كنم به تو بگويم به دلايل خاص است‌، و مطرح كردن آنها به مصلحت نيست‌; زيرا اگر كساني را كه با من در ارتباط هستند، بشناسي‌، ممكن است چنانچه گرفتار شوي‌، مجبور باشي آنها را لو بدهي‌...»
عليرغم موضوع فوق و تأكيد حاج احمد بر رعايت اصول مبارزه بعضاً اتفاق مي‌افتاد كه همسر ايشان نسبت به برخي از امور اطلاع حاصل مي‌كرد و بعدها نيز به شكل مستقيم در بسياري از فعاليت‌هاي مبارزاتي شركت داشت‌. خانم طباطبايي در خاطراتش به ماجراي منع حاج احمد از وارد شدن و حتي نگاه كردن وي به داخل يكي از اتاقهاي منزلشان اشاره دارد كه بيانگر گوشه‌اي از تلاش‌هاي خستگي‌ناپذير حاج احمد است :
«... چند روزي گذشت‌. هر لحظه حس كنجكاوي من تحريك مي‌شد و مي‌خواستم بدانم داخل اين اتاق چه چيزهايي هست كه احمد، به من اجازه نمي‌دهد حتي داخل آن را نگاه كنم‌. تا اينكه يك روز، در فرصتي كه در همين اتاق باز بود، به آرامي لاي در را باز كردم و داخل اتاق را نگاه كردم‌; ديدم تا سقف اتاق‌، اوراق كاغذ چيده شده است و يك دستگاه تايپ و تكثير در اتاق هست‌. حالا احمد چگونه به تنهايي اين همه كاغذ و مخصوصاً دستگاه تايپ را به خانه آورده بود كه همسايه‌ها و حتي من نفهميده بودم‌، تعجب‌انگيز بود. اوضاع سياسي مملكت در آن زمان طوري بود كه اگر قضيه لو مي‌رفت و اين اعلاميه‌ها و دستگاه تكثير اوراق به دست ساواك مي‌افتاد، حكم اعدام براي احمد داشت‌...»
سومين سفر حجت‌الاسلام حاج سيداحمد خميني به عراق‌، به قصد انتقال اخبار داخل كشور و ارائة گزارش فعاليت‌هاي انجام يافته به حضرت امام در اوايل سال 1352 شمسي صورت پذيرفت‌. وي اين بار با اخذ گذرنامه و به شكل به اصطلاح قانوني عازم عراق‌، شد. زيارت عتبات عاليات و بهره‌گيري از آستان مقدس ائمه معصومين عليهم‌السلام‌، ديدار با پدر، مادر، برادر و ساير بستگان نيز بخشي از هدف وي بود. او مسائل فراواني از نهضت را با امام در ميان گذاشت‌. اوضاع عمومي حوزه علميه قم‌، مشكلات فرار وي مبارزين مسلمان‌، چگونگي كمك به خانواده زندانيان سياسي‌، وضعيت روحانيون مبارز و مطالب بسيار ديگري را بازگو نمود و از نظريات امام خويش جهت پيش برد اهداف عاليه نهضت بهره‌مند گرديد. او تمام آنچه را كه براي انجام مأموريت آينده‌اش لازم بود فرا گرفت و با دستي پر از عراق‌، عازم مكه‌، شد. زيارت خانه خدا و كسب توشه معنوي براي ادامه مبارزه و جهاد در راه خدا حاصل اين سفر بود. ضمن اينكه مكه‌، مكاني بود براي تماس و ارتباط گيري با ساير مبارزين كه در پوشش اعمال حج در آن مكان مقدس گردهم مي‌آمدند:
«نامبرده بالا كه فرزند روح‌الله خميني‌ ،  است در ايام حج سال جاري در مراسم حج در مكه‌، شركت كرده است‌. چند نفر از معممين ايراني مقيم نجف به اسامي سيدهادي موسوي مازندراني‌، ، شيخ اسماعيل فردوسي‌، ، شيخ قديري اصفهاني‌،  و برقعي قمي‌، (نام كوچك دو نفر اخير تعيين نگرديده است‌) و چند نفر ديگر كه اسامي آنان معلوم نگرديده در اغلب مراسم حج همراه خميني بوده‌اند...»
يادگار امام پس از انجام مراسم حج عازم لبنان‌، شد. ساواك با ارسال تلگرامي براي نمايندگي خود در لبنان‌، آنان را در جريان اين سفر قرار داد و دستور مراقبت كامل از كليه تماسها و ارتباطات وي با افراد را صادر و ارسال گزارش كامل آن را براي مركز درخواست نمود.
وي در لبنان‌، با امام موسي صدر رهبر شيعيان لبنان‌، ديدار كرد و به بررسي وضعيت شيعيان منطقه و ارزيابي مبارزات افتخارآميز آنان پرداخت و در تماس با شهيد دكتر مصطفي چمران‌،  و برخي عناصر مبارز ديگر علاوه بر آن كه مدتي كوتاه در پايگاه نظامي شهيد چمران آموزش نظامي ديد، اهداف نهضت امام را نيز در آن منطقه دنبال نمود. نمايندگي ساواك در لبنان‌، بلافاصله طي تلگرافي خبر ملاقات وي با امام موسي صدر،  را به تهران‌،  مخابره كرد. ساواك مركز با ارسال نامه‌اي موارد ذيل را پي‌گير شد:
«1ـ درباره علت ملاقات نامبرده با موسي صدر 2ـ مدت اقامت مشاراليه در منزل موسي صدر و اينكه در اين مدت چه اشخاصي به منزل وي رفت و آمد داشته‌اند (با مشخصات آنها) 3ـ در مدت اقامت در منزل موسي صدر چه صحبت‌هايي و چه مسائلي بين آنها مطرح شده است‌. 4ـ آيا نامبرده به طريقي با عراق‌، و با پدر و برادرش تماس گرفته است يا خير؟ و اگر تماس گرفته به چه وسيله‌اي بوده است و مسائلي كه مطرح شده است روشن شود.»
حجت‌الاسلام سيد احمد خميني در اواخر بهمن سال 1352 به وطن مراجعت نمود. پس از توقف كوتاهي در تهران در تاريخ 25/11/52 وارد قم شد. ساواك مركز با ارسال تلگرافي به ساواك قم با اشاره به مسافرت وي به نجف و لبنان‌، لبنان دستور داد با استفاده از افراد نفوذي و امكانات فني نظير شنود تلفني و كنترل مكاتبات پاسخ دو سؤال را بيابند. نخست آن كه وي از جانب پدرش حامل چه پيام و دستوري است و دوم آن كه در ملاقات با امام موسي صدر چه مطالبي بين آنها رد و بدل شده و احياناً چه دستورالعملي از ايشان دريافت داشته است‌.
به جهت تردد ايشان به تهران كه گزارش تمامي اين رفت و آمدها توسط ساواك قم به مركز ارسال شده‌، مشابه دستورالعمل بالا براي ساواك تهران نيز ارسال گرديد. عامل نفوذي ساواك طي چند ملاقات با حاج احمد تمام تلاش خود را براي يافتن پاسخ سؤالهاي مزبور به عمل آورد. اما ايشان با تيزهوشي و درايت فقط به كلياتي در مورد سفر خود اشاره نمود. خبرچين ساواك در انتهاي گزارش خود چنين آورده است :
«از اين ملاقات چنين استفاده شد كه سيداحمد بي‌اندازه از عنوان كردن و مذاكره مطالب سياسي خودداري مي‌كند و حاضر نيست به هيچ وجه از اين مقولات حرفي به ميان بيايد.» در ادامه گزارش رهبر عمليات تحت عنوان نظريه يكشنبه نوشته است : «مفاد گزارش صحيح است منابع ديگري نيز نفوذ داده شده تا با وي ملاقات كنند لكن هيچ يك از آنان حتي موفق به طرح مسائل سياسي با وي نشده‌اند زيرا سيداحمد به شدت از طرح هر نوع مسئله‌اي خودداري نموده است‌. به منبع آموزش داده شده كه به هر نحو نفوذ نموده و مسائل را روشن كند. ضمناً اعمال و رفتار سيداحمد فعلاً با تمام امكانات موجود تحت كنترل است‌.»
ساواك تا مدتها دست از كنترل و مراقبت برنداشت ولي تمامي اين تلاشهاي مذبوحانه بي‌ثمر بود. زيرا يادگار امام دست آنها را خوانده و تمامي شگردهاي اطلاعاتي آنها براي وي آشكار شده بود. عجز و ناتواني ساواك در برابر زيركي و فطانت فرزند برومند حضرت امام در سند ذيل به خوبي نمايان است :
«از بدو ورود نامبرده تاكنون به نحو مقتضي به وسيله تيم تعقيب و مراقبت و كنترل تلفني از نامبرده فوق مراقبت لازم معمول‌، به‌طور كلي مشاراليه از پذيرفتن اشخاص در منزل خود خودداري و هيچ‌گونه صحبت يا عمل خلافي از وي سر نزده است‌. شب موصوف شب روز 29/11/52 در منزل شيخ محمدحسين بروجردي‌،  (كه پسر وي داماد خميني و شوهر خواهر احمد مصطفوي خميني مي‌باشد) مهمان بوده و روز بعد (30/11/52) سوژه به تهران‌، عزيمت لكن آدرس محل سكونت خود را به نزديك‌ترين كسان خويش نيز اطلاع نداده‌...»
حجت‌الاسلام والمسلمين سيداحمد خميني طي اين سالها در ضمن فراگيري علوم اسلامي و كسب علم از محضر اساتيد برجسته حوزه علميه قم‌، هيچ‌گاه از مأموريت اصلي خود كه همان مبارزه با خودكامگي و ستمگري دستگاه حاكمه بود غافل نشد. بسياري از فعاليت‌هاي وي از ديد مأموران امنيتي رژيم مخفي ماند و تنها گوشه‌اي از زحمات شبانه‌روزي و طاقت‌فرساي وي بعدها از زبان دوستان و همرزمانش در قالب خاطره بيان گشت‌. يكي از فعاليت‌هاي محوري وي در آن سالها ديدار و ملاقات با مبارزاني بود كه توسط دستگاه امنيتي و دادگاههاي فرمايشي رژيم به نقاط مختلف تبعيد شده بودند.
«در اواخر ماه مبارك رمضان سيداحمد خميني فرزند خميني كه ملبس به لباس روحانيت مي‌باشد به استان گيلان‌، مسافرت نموده‌. ياد شده در اين مسافرت به شهر فومن‌‌،  وارد و با عبدالحميد مولانا،  (محكوم اقامت اجباري‌) ملاقات و مدت يك ساعت با وي مذاكره نمود و سپس در همان شهرستان به منزل حسن‌زاده‌،  و داور ،  دوست دو تن از پيشنمازان اين شهرستان وارد و با آنان ملاقات و يك شب در منزل داوردوست اقامت نمود. سپس به هشتپر، مسافرت كرد و با شيخ مرواريد، و شيخ منتظري‌، در هروآباد ملاقات كرد آنگاه در شهرستان رودبار،  با محكوم اقامت اجباري ديگري به نام شيخ صادق خلخالي‌،  ملاقات نموده است‌.»
جمع‌آوري وجوهات شرعيه و ارسال آن براي امام خميني‌، از موضوعاتي بود كه پيوسته ذهن مأموران امنيتي رژيم را به خود مشغول كرده بود. اين موضوع زماني اهميت بيشتري يافت كه آنها پي بردند بخشي از اين وجوهات در مسير مبارزه و كمك به خانواده‌هاي زندانيان سياسي مصرف مي‌گردد. به همين جهت اقدامات وسيعي را براي آشنايي عاملين جمع‌آوري وجوهات‌، راههاي ارسالي آن براي امام و حتي شناسايي افراد پرداخت‌كننده به عمل آوردند. اداره كل سوم ساواك در گزارشي در اين خصوص مي‌نويسد:
«همان طوري كه استحضار دارند به كليه ساواكها اعلام شده نمايندگان رسمي خميني را كه وجوه شرعي جمع‌آوري مي‌كنند شناسايي و دستگير نمايند. و از آنان در مورد نحوه جمع‌آوري و كمك‌هايي كه از طرف آنان به اشخاص مختلف و احياناً زندانيان ضد امنيتي مي‌شود تحقيق نمايند. نامبردگان بالا كه نفر اول (مرتضي پسنديده‌،) برادر خميني و نفر دوم (احمد مصطفوي خميني‌) پسر خميني و در قم ساكن هستند براساس سوابق موجود از عوامل جمع‌آوري وجوه شرعي مي‌باشند...»
حجت‌الاسلام سيداحمد خميني در دي ماه 1353 طي درخواستي خواستار صدور گذرنامه براي سفر به لبنان‌، شد. شهرباني كل كشور موضوع را به ساواك گزارش نمود. اداره كل سوم ساواك با تنظيم نامه‌اي پس از بيان سابقه وي نظريه خود را چنين بيان كرد:
«با عرض مراتب فوق و عنايت به سوابق وي و جمع‌آوري وجوه شرعي و فرستادن آن براي خميني و اينكه احتمالاً مسافرتهاي مكرر او به خارج براي برقراري تماس با عوامل خميني در لبنان‌، مي‌باشد مستدعي است در صورت تصويب با خروج او از كشور مخالفت شود. موكول به رأي عاليست‌.»
نظريه مزبور مورد تصويب قرار گرفت و گذرنامه صادر نشد. در اوايل سال 1356 وي مجدداً تقاضاي صدور گذرنامه نمود. ساواك اين بار براي رسيدن به برخي اطلاعات و اهدافش موافقت نمود:
«با رفتن اعضاي خانواده خميني به عراق‌، برابر اوامر صادره موافقت شده و سيدعبدالرضا حجازي‌، استدعا دارد كه با مسافرت اين شخص هم موافقت گردد. در صورت تصويب براي ابراز حسن نيت سازمان و تلاش در جهت پي بردن به ماهيت نيات خميني موافقت و بعد از مراجعت از طريق حجازي از او زيرپاكشي شود، موكول به رأي عاليست‌.»
سازمان اطلاعات و امنيت قم‌،  در نامه‌اي به اداره كل سوم اعلام داشت كه احمد مصطفوي فرزند روح‌الله روز 7/4/56 به تهران عزيمت و در نظر دارد از طريق سوريه‌، به عراق‌، مسافرت تا به خواهرهاي خود كه در نجف هستند ملحق و از روح‌الله  خميني‌،  ديدار نمايد. در اين سفر همسر احمد نيز همراه وي خواهد بود.
هجرت حاج احمد از جمله حوادث تاريخي و تأثيرگذاري است كه در سال 1356 اتفاق افتاد. حاج احمد در ايران‌، رسالت خويش را به خوبي ايفا كرد. بيش از يك دهه بدون وقفه تلاش كرد. با همت و تلاش وي ـ پس از اين سالها ـ رابطه رهبري انقلاب با حوزه‌هاي علميه و مبارزين داخل كشور به گسترده‌ترين و مطلوبترين وجه ممكن رسيد. كانالهاي ارتباط با نجف برقرار و شبكه ارتباط روحانيت و مؤمنين به نهضت امام در سطح كشور، به همت ياران فداكار امام و فرزند مجاهدش تنظيم شد. از سوي ديگر وي چندين سال است كه نزد بزرگان حوزه  قم‌،  كسب فيض نموده و اينك براي تكميل نيازهاي علمي خويش فرزانه‌اي چون امام را مي‌طلبد. بدين ترتيب است كه حاج احمد براي چهارمين و آخرين بار وطن را به قصد انجام رسالتي ديگر ترك كرد. وي ابتدا به سوريه‌، رفت‌. نمايندگي ساواك در سوريه‌، با ارسال نامه‌اي اعلام داشت‌:
«سيداحمد خميني يكي از فرزندان خميني كه مقيم ايران است به اتفاق همسر و فرزندان خود اخيراً وارد دمشق شده است و قرار است از دمشق‌،  به بيروت‌،  برود و در بيروت ويزاي مسافرت به عراق‌، و عربستان سعودي‌، تحصيل كرده و براي زيارت به عراق‌، و عربستان سعودي‌، عزيمت نمايند. در بيروت نيز مهمان سيد موسي صدر،  خواهند بود...»
سپهبد نصيري‌، رياست ساواك از نقش سيداحمد در سازماندهي مبارزه و ايجاد ارتباط بين مبارزين و امام آگاهي كامل داشت و اين‌گونه مسافرتها را نيز در راستاي همان امور ارزيابي مي‌كرد لذا پس از اطلاع از اين سفر دستوراتي به شرح ذيل صادر نمود:
«1ـ نمايندگي بغداد، در جريان گذارده شود كه سعي نمايد اطلاعاتي از اين بازديدها به دست آورد. 2ـ در مراجعت‌، اداره كل سوم از آنها تحقيقات لازم را بنمايد و گذرنامه‌هاي آنها را بررسي نمايد به كجاها رفته و با چه اشخاصي تماس گرفته و هدفشان چه بوده است‌. پول براي خميني برده‌اند يا آن كه خميني پول به آنها داده است كه در ايران به اشخاص بدهند. تحقيقات كامل بشود.»
آيت‌الله سيدمحمد موسوي بجنوردي‌، در خاطراتش به برخي جزئيات اين سفر اشاره دارد :
«در مسافرتي با حضرت آيت‌الله حاج آقا مصطفي خميني (ره‌) به سوريه‌، رفتيم و از آنجا مي‌خواستيم به عمره برويم‌. در سوريه‌، حاج احمدآقا را ديديم‌. ايشان با خانم و فرزندشان آمده و مهمان آقا موسي صدر، بودند. متفقاً مشرف شده و به مدينه رفتيم آنجا بعد از زيارت قبر پيامبر اكرم «ص‌»،  و ائمه اطهار و فاطمه زهرا (س‌) به طرف خانه خدا آمديم و مدتي در آنجا بوديم و با عده‌اي از شخصيت‌هاي سياسي مبارز لبنان‌، ملاقاتها و جلساتي داشتيم بعد به سوريه‌، آمديم‌. مرحوم حاج آقا مصطفي چند روز زودتر از ما به عراق‌، و نجف رفت‌. ما بعد از چند روز با فاصله يك روز با حاج احمد به طرف نجف رفتيم‌. حاج احمدآقا ديگر در نجف ماند و در حوزه نجف مشغول درس شد...»
بخش امنيت داخلي سازمان اطلاعات و امنيت رژيم تمام توان خود را به كار گرفت تا پس از مراجعت حاج احمد به اطلاعات مورد نظرش دست يابد. از طريق ادارات مختلف مترصد مراجعت وي بوده و با ارسال نامه حساسيت موضوع را به آنها متذكر شد. اما تقدير الهي به گونه‌اي ديگر رقم خورد. شهادت جانسوز شهيد آيت‌الله حاج آقا خميني‌، در آبان 1356 ابتلا و امتحاني خطير براي حاج احمد بود. امتحاني كه پدر، آن را لطف خفية الهي ناميد و همين طور نيز شد. شهادت وي آغازگر خيزش 19 دي ماه قم و سپس چهلم‌هاي پياپي و پديد آمدن صحنه كارزار پيروان امام با دژخيمان در سرتاسر ايران‌،  گرديد. ساواك قم طي گزارشي در مورخ 28/10/56 اظهار داشت :
«نامبرده بالا تاكنون مراجعت ننموده و باتوجه به فوت مصطفي صاحب‌نظران اظهار عقيده مي‌كنند كه امكان دارد در آينده نيز مراجعت ننمايد. منابع در اين زمينه توجيه گرديده‌اند در صورت ورود ياد شده به منطقه مراتب به عرض خواهد رسيد.»
بعد از شهادت حاج آقا مصطفي‌،  بيت و دفتر امام خميني‌، در نجف اشرف‌، با بهره‌مندي از شخصيت حاج احمد كه تجربه طولاني مبارزه و سامان‌دهي ارتباطها و مديريت منزل امام در قم در سالهاي دشوار پس از تبعيد امام را با خود داشت‌، به سرعت تبديل به كانوني مطمئن براي پاسخگويي به نيازهاي ارتباطي نهضت و رهبري آن گرديد. گزارش ساواك قم در اين باره چنين است :
«... مطلب ديگري كه انصاري‌، عنوان مي‌نمود راجع به سيداحمد خميني پسر دوم روح‌الله خميني‌،  بود كه گويا جانشين مصطفي خميني (پسر متوفي روح‌الله) شده و براي ترقي پدرش و عليه ايران دست به فعاليت‌هاي زياد زده است‌...»
حجت‌الاسلام سيداحمد خميني در آن ايام پر حادثه‌، در نجف اشرف‌، توانست خلأ وجود با بركت شهيد حاج آقا مصطفي را در كنار پدر پر كند. با رهبري الهي حضرت امام خميني‌، دامنه قيام به سراسر ايران و در ميان اقشار مختلف مردم اعم از دانشجويان‌، طلاب و روحانيون‌، كارگران‌، بازاريها، كارمندان ادارات و... كشيده شد و در اين ميان وي رازدار امين امام و حامل پيامهاي پي در پي رهبر و نقطه اتصال شبكه گسترده ارتباطات بود:
«در حال حاضر قم مركز اصلي فعاليت‌هاي ضد دولتي و تحريك مردم به آشوب و اخلال‌گري است‌. هسته مركزي اين فعاليت‌ها را گروهي طلاب طرفدار خميني تشكيل مي‌دهند كه مستقيماً با نجف در تماسند و زير نظر سيداحمد خميني فعاليت مي‌كنند و داراي خانه‌هاي امن جهت تشكيل جلسات و نگهداري و مسائل چاپ و ساير لوازم مي‌باشند...»
تماسها و فعاليت‌هاي يادگار امام در نجف نيز تحت مراقبت و كنترل دائمي ساواك و مأموران امنيتي سفارت ايران در بغداد، قرار داشت‌.
«... پس از آمدن سيداحمد به نجف فعاليت خميني چند برابر شده به نحوي كه در طول يك سال اخير تعداد سخنراني‌ها، اعلاميه‌ها و نامه‌هاي تحريك‌آميز وي به اندازه چند سال گذشته بوده از اين زمان تمام تحريكات و انتقادهاي او صريحاً متوجه رئيس مملكت شده است و شدت تبليغات و تحريكات نامبرده به حدي رسيده كه تاكنون به هيچ‌وجه سابقه نداشته است‌. در حال حاضر نيز گروههاي افراطي و خرابكار در قم زير نظر مستقيم سيداحمد فعاليت دارند و مشاراليه از نجف خطمشي آنان را تعيين و ابلاغ مي‌كند...»
 هجرت سرنوشت‌ساز امام خميني‌، از نجف به پاريس‌، آغاز فصل فروپاشي اركان رژيم سلطنتي در ايران بود. در اين ماجرا نيز حاج احمد مشاور و همراه پدر بود. رژيم عراق‌، ماندن امام در آنجا را منوط به ترك فعاليت‌هاي سياسي نمود و امام ترك عراق‌، را براين امر ترجيح داد. ابتدا قرار بود به كويت‌،  بروند، مقدمات سفر آماده شد ولي در مرز عراق‌، و كويت از ورود آنها جلوگيري شد. امام با پيشنهاد حاج احمد مبني بر سفر به فرانسه موافقت نمود. هواپيماي حامل امام روز جمعه 14 مهر ماه 1357 در فرودگاه پاريس‌، به زمين نشست‌. يادگار امام با كوله‌باري افتخارانگيز از سالها تجربه رويارويي با رژيم پهلوي و با پشتوانه اندوخته‌هاي علمي و معنوي همراه با امام بغداد، را ترك كرد. وي با شناختي كه از روشها، شعارها و ماهيت گروههاي سياسي داخلي و همچنين شناختي كه از وضعيت جريانهاي موجود در حوزه علميه داشت‌، كانون هدايت انقلاب‌، را در نوفل شاتو،  چونان بازويي توانا و مشاوري امين در تمامي جريانات همراهي كرد.
وي در پاريس‌، علاوه بر مقابله با جريانهاي سياسي منحرف از خط امام و برنامه‌ريزي دقيق براي تنظيم امور بيت و دفتر امام و برگزاري به موقع مصاحبه‌هاي مطبوعاتي و دقت و وسواس فراوان در ترجمه مصاحبه‌ها و پيامهاي امام و جلوگيري از تحريف آنها، رسالتي بس مهم ديگر نيز برعهده داشت كه تجربه كافي آن را قبلاً طي سالهاي مبارزه در ايران آموخته بود و آن برقراري ارتباط گسترده و لازم بين اقشار مختلف جامعه انقلابي ايران و رهبري انقلاب در خارج كشور بود. 
افتخارات يادگار امام منحصر به مبارزات وي با رژيم ستم‌شاهي و تلاش‌هاي بسيار مؤثر او در دوران پيش از پيروزي انقلاب اسلامي نمي شود. ايشان پس از پيروزي انقلاب اسلامي در سال 57 تا رحلت امام در سال 68 قريب 11 سال لحظه لحظة عمرش را در كنار امام و همراه و همفكر امام سپري كرد. مهم‌ترين وظيفه او طي اين سال مراقبت از وضعيت جسماني امام بود وي در تلاش براي حفظ سلامت امام و مداواي بيماري ايشان گاه آنچنان خود را فراموش مي‌كرد كه نقل كرده‌اند حضرت امام در بستر بيماري خطاب به پزشكاني كه به بالينش مي‌آمدند مي‌فرمود : اول احمد را دريابيد كه به مراقبت نيازمندتر از من است‌. يادگار امام هر آنچه كه در توان داشت به كار بست تا دشمن را در پيش‌بيني‌هايش كه بسيار به آن اميد بسته بود و مرتباً وعده وفات امام را مي‌داد نااميد سازد و شرايطي فراهم كند كه رهبر فرزانه انقلاب در سن بالاي 80 سالگي با نشاط و سلامت كشتي انقلاب را پس از پيروزي در اقيانوسي از حادثه‌ها و تلاطم‌ها با اقتدار كامل بيش از ده سال هدايت كند.
حجت‌الاسلام حاج سيداحمد خميني در روز 12 بهمن سال 1357 به همراه امام خميني‌، قدم به ميهن نهاد. امام خميني‌، در شرايطي تصميم به بازگشت به وطن گرفت كه بسياري توصيه به تعويق سفر داشتند. در اين تصميم شگفت نيز همچون تصميم هجرت به پاريس‌، ‌، حاج احمد مشاور امام‌، يار امام‌، همراه امام و فدايي امام است‌. او همچون گذشته تمهيد مقدمات اين سفر، تغيير هواپيماي حامل امام‌، انتخاب همراهان و كنترل و مراقبت‌هاي لازم را هوشمندانه هدايت كرد. امام خميني پس از ورود به ميهن در مدرسه علوي و رفاه مستقر شد اينك اين مدارس كانون كشف توطئه‌ها و مركز هدايت امت اسلام در مواجهه با دشمنان داخلي و خارجي انقلاب گرديدند. تنظيم امور اين كانون‌، همچون دفتر و بيت امام در نوفل شاتو و همچون كانون قيام در قم در طول سالهاي پس از تبعيد امام‌، برعهده عالمي كاردان و سياستمداري زيرك به نام حاج احمد است‌، كه در انجام اين رسالت لحظه‌اي آرام و قرار ندارد. او به عنوان يك صاحب‌نظر مورد اعتماد امام‌، ضمن شركت در جلسات تصميم‌گيري در خصوص مسائل مهم انقلاب و انتقال پيامهاي حضرت امام و انعكاس لحظه به لحظة رخدادهاي انقلاب به ايشان‌، همچون گذشته يك آن از حفاظت جان امام و مراقبت سلامت‌ِ ايشان غافل نبود.
حجت‌الاسلام والمسلمين حاج سيداحمد خميني در تاريخ 10 اسفند 1357 همراه با حضرت امام عازم قم گرديد. او بلافاصله وسايل و زمينه‌هاي لازم را براي هدايت امور انقلاب و تنظيم امور بيت و دفتر امام و تأمين شرايط براي ارتباطهاي گسترده امام با مردم و مسئولين كه روزانه در نوبت‌هاي متوالي به ديدار امام در قم مي‌شتافتند فراهم نمود. او نخستين كسي بود كه با عشق و اعتقادي وصف‌ناپذير، فرامين و رهنمودهاي امام را به مراكز ذي‌ربط منتقل مي‌كرد و در پيگيري انجام آنها لحظه‌اي آرامش نداشت‌. دوران يك ساله اقامت امام خميني‌، در قم در فاصله اسفند 57 تا بهمن 1358 كه آن حضرت براثر عارضه قلبي عازم بيمارستان قلب تهران (شهيد رجايي‌)،  گرديد، دوران دشوار تحولات اساسي در نظام سياسي و اجتماعي ايران بود و احمد در تمامي اين جريانات در صف اول قرار داشت و لحظه‌اي از امام جدا نشد. پس از استقرار امام در جماران حاج احمد همچون گذشته با تدبير و درايت انجام امور بيت و دفتر را هدايت نمود. وي در تمامي جريانات و اتفاقات اين دوره به عنوان مشاوري امين در كنار امام ايفاي نقش نمود. وي در ماجراي اشغال لانه جاسوسي امريكا،  توسط دانشجويان پيرو خط امام‌، از آغاز اين ماجرا تا زماني كه به تصميم مجلس شوراي اسلامي گروگانها آزاد شدند، طرف مشورت امام و رابط امين رهبري و شوراي انقلاب و مسئولين نظام بود. علاوه بر انتقال پيامهاي امام به مسئولين و فراهم نمودن مطمئن‌ترين روشها براي اطلاع امام از جزئيات اين رخداد مهم‌، خود نيز به‌عنوان صاحب‌نظر در مسائل سياسي‌، تحليل خويش از اين واقعه را ارائه نمود. از ديگر عرصه‌هاي حضور جدي و خستگي‌ناپذير حاج احمد، دوران هشت ساله دفاع مقدس است‌. وي در تمام اين دوران‌، در همه صحنه‌هاي هدايت آن و هر جا كه امام بود حضور داشت‌. كسب اطلاعات دقيق روزمره از آخرين وضعيت نيروهاي خودي و قواي دشمن در جبهه‌ها، گردآوري آخرين اطلاعات از شرايط سياسي و اجتماعي جامعه و موضع‌گيري افراد و گروهها در قبال مسائل جنگ و تنظيم و جمع‌بندي آخرين اطلاعات از مواضع سياسي و نظامي دولت‌ها و مجامع بين‌المللي در رابطه با رخدادهاي جبهه و مواضع راديوها و ديگر رسانه‌هاي بيگانه و رساندن به موقع اين اطلاعات به فرماندهي كل قوا مسئوليتي بود كه حاج احمد با مديريت عالي خود و با مطمئن‌ترين روشها به بهترين وجه به آن عمل نمود. و علاوه بر آن‌، ابلاغ امانتدارانه و سريع پيامهاي سرّي و علني امام در رابطه با امور نظامي‌، ارتباط مستمر با شوراي عالي دفاع‌، و فرماندهان نظامي و شركت در جلسات شورا و ارائه رأي و نظر مشورتي خويش به حضرت امام و شورا، و برنامه‌ريزي ملاقات رزمندگان ارتشي و سپاهي و جان بركفان بسيجي با فرمانده كل قوا از ديگر مسئوليت‌هايي بود كه وي در 8 سال دفاع مقدس در كنار مشغله روزمره و بسيار مهم و مؤثري كه در دفتر حضرت امام و در خدمت ايشان داشت به خوبي از عهده آن برآمد.
كسي كه عشق را، خميني‌، رابطه خميني و احمد را و عشق احمد به خميني را بشناسد، نيك مي‌داند كه داغ جگرسوز رحلت امام در شبانگاه 13 خرداد 68 با دل رنجديده حاج احمد چه كرد. او 13 سال رنج مبارزه در غياب پدر تبعيدي خويش را به شوق روزگار وصل تحمل كرد و وقتي در سال 56 به نجف‌اشرف رسيد يوسف‌وار خود را در آغوش پدر انداخت و رنج‌هاي دوران جدايي را گريه كرد و از آن پس لحظه‌اي از امام جدا نبود و هنوز شيريني وصال محبوب را كامل نچشيده كه فصل فراغ سر رسيد. پس از رحلت جانگداز امام حاج احمد تني چند از ياران و اعضاي دفتر را فراخواند و چگونگي انجام مراسم پرشكوه و وداع ملت ايران با پيكر مطهر امام در مصلاي تهران‌، و مراسم تشييع و خاكسپاري را به بحث و مشورت گذاشت و پس از تنظيم برنامه‌ها و بازديد از مادر داغدار و خواهران و اهل بيت مصيبت ديده‌اش دوباره در كنار پيكر مطهر امام حاضر شد تا از روح مطهر آن مرد خدا نيرو بگيرد و خود را براي امتحان بسيار مهمي كه ساعاتي بعد فراروي خويش دارد آماده كند. هنوز طراحي برنامه‌هاي توطئه براي چگونگي استفاده از فضاي عصر بعد از امام‌، در مراكز اطلاعاتي و امنيتي دشمنان انقلاب به پايان نرسيده بود كه انتخاب خبرگان خيال دلسوزان انقلاب و پيروان امام را آسوده كرد. و همه مي‌دانيم كه در آن جلسه‌، سخن و تحليل يادگار امام و نقل امانت‌دارانه او از آنچه كه از امام خميني‌، درباره رهبر معظم انقلاب اسلامي حضرت آيت‌الله خامنه‌اي‌،  شنيده و ديده بود، نقشي اساسي در تسريع انتخاب خبرگان و رفع ترديدها و دو دليها داشت و بدين‌سان در اين ماجرا نيز كه به حق از سرنوشت‌سازترين وقايع انقلاب اسلامي بعد از رحلت امام محسوب مي‌شود «حاج احمد» بسان هميشه در هموارسازي مسير انقلاب نقشي اساسي داشت‌. دفاع جانانه او از اساسي‌ترين اصل مكتب سياسي امام خميني‌، و مهم‌ترين آرمان حكومتي امام يعني ولايت فقيه منحصر به جلسه خبرگان نشد. او به دفاع از اين اصل تا پايان زندگي خويش وفادار ماند.
 حجت‌الاسلام والمسلمين حاج سيداحمد خميني با سيمايي شاداب و خلقي گشاده و نيكو با مردم سخن مي‌گفت‌. در برخوردهاي شخصي بسيار زود گذشت و كريم بود. از كينه‌ورزي نسبت به اشخاص حتي كساني كه بدترين برخوردها را با او داشتند به دور بود. هيچ‌گاه با مردم و مراجعين و اطرافيان از موضع قدرت و از موضع موقعيتي كه داشت برخورد نمي‌كرد. فردي با متانت و وقار و در عين حال با تواضع و فروتن بود. واقعاً با مردم به عنوان صاحبان انقلاب و كساني كه با فداكاريها و نثارجان عزيزانشان زمينه حكومت اسلامي را فراهم كرده‌اند، مي‌نگريست‌.
زندگي‌اش به تبعيت از امام بي‌آلايش و زاهدانه سرشار از سادگي بود. حقيقتاً به مظاهر دنيا و مسائلي كه سبب دلبستگي بسياري از آدميان مي‌شود كاملاً بي‌اعتنا بود. از تجملات و تشريفات از هر نوعش متنفر بود. وقتي كه ناگزير از حضور در محيطي مي‌شد كه بويي از تجملات و تشريفات داشت مي‌فرمود احساس مي‌كنم كه دارم خفه مي‌شوم‌. به جز موارد معدودي كه در رفت و آمدهاي رسمي از محافظ و شرايط حفاظتي استفاده مي‌كرد، عموم رفت و آمدهايش در سطح شهر با خودرو معمولي و غالباً پيكان به همراه يكي دو تن از دوستانش و بدون هيچ‌گونه اثري از تشريفات معمولي بود. با وجود صدها امكان مشروعي كه مي‌توانست استفاده كند، او تا پايان عمر صاحب‌خانه و ملك نشد و در منزل استيجاري زندگي مي‌كرد. از حشر و نشر با سرمايه‌داران امتناع مي‌ورزيد. عيادت مريض‌، صله رحم و ديدار مستمر با مسئولين‌، سركشي به آشنايان كه در مسير زندگيشان گرفتاري پيش مي‌آمد، احترام فوق تصور به پدر و مادر، توجه به هدايت و تربيت فرزندان‌، مشاركت در حل مشكلات زندگي و كمك به همسر و حفظ شأن همسر به عنوان شريك واقعي زندگي و عمل به وظايف شرعي از جمله اصولي بودند كه در متن زندگي‌اش به آنها پايبند بود.
ارادتش به حضرت امام‌‌، بي‌مانند بود و انقلاب و نظام اسلامي را از جانش بيشتر دوست مي‌داشت‌. در وادي برخورد با كساني كه آگاهانه با انقلاب و امام به مخالفت برمي‌خاستند ترحم را جايز نمي‌دانست‌. عليرغم آن همه فداكاريهايي كه در مسير انقلاب كرده و آن نقش برجسته‌اي كه داشت در اين رابطه هيچ‌گونه امتيازي براي خود قائل نبود. امانت‌داري و رازداري دو صفت برجسته او بودند. به ساحت مقدس پيامبر اكرم (ص‌)،  و ائمه اطهار (ع‌) ارادت خاصي داشت و در روضة مصيبت اهل بيت و سرور آزادگان (ع‌) آشكارا گريه مي‌كرد. بعد از رحلت امام به وضوح و در تمام حالات حتي در حال سرور و شادماني در عمق نگاهش غمي عميق مشاهده مي‌شد. از شجاعتي امام‌گونه و صراحت لهجه‌اي همانند او برخوردار بود. در دو سال آخر عمر وي فراغتي نسبي پديد آمد. سالها بود كه مشغله فراوان سياسي و اجتماعي و مسئوليت‌هاي خطير، او را از خلوت تنهايي كه بسيار دوست مي‌داشت محروم ساخته بود و از اين فرصت كمال بهره معنوي را برد. او در اين مقطع هر چند وقت يك بار، براي چند روزي با انقطاع از ديگران به خانه‌اي دور افتاده در بيابان كويري (در منطقه كوشك نصرت مابين تهران و قم‌، ) مي‌رفت و به مطالعه كتب عرفاني حضرت امام خصوصاً چهل حديث و دعا و راز و نياز با خالق خويش مي‌پرداخت و گاهي نيز تني چند از اهل دعا و معنا را در خلوت تنهايي خود مي‌پذيرفت‌. 
صبحگاه روز 21 اسفند 13 خبر بستري شدن يادگار امام‌، نخست موجي از نگراني در جماران و دقايقي بعد در شهر تهران و پس از آن در سرتاسر ايران پديد آورد. عارضه قلبي و تنفسي ناگهاني در حالت خواب سبب ايست كامل قلب و تنفس براي لحظاتي گرديده و همين امر موجب بروز سكته مغزي گرديده بود. فضاي عمومي كشور با پخش اخبار صادقانه ولي نااميدكننده تيم پزشكي غم گرفته و حزن‌آلود شد. پنج روز سرتاسر ايران و هرجا كه در جهان نام خميني (امام‌)،  به بزرگي برده مي‌شد، دستهاي ميليونها انسان مؤمن به دعا و استغاثه بلند شد. سرانجام «احمد خميني‌» همان كسي كه نامش و يادش و تصويرش و فداكاريش تا ابد در كنار نام «خميني‌» در قلب و روح و روان عاشقان انقلاب اسلامي پر جلوه و پر اثر باقي خواهد ماند، نداي حق را در شامگاه 25 اسفند 13 لبيك گفت و به سوي حق شتافت‌. فرداي آن روز پس از اقامه نماز توسط رهبر معظم انقلاب اسلامي بر پيكر مطهرش و پس از تشييعي باشكوه و كم سابقه از مسير دانشگاه تهران‌، تا حرم مطهر امام خميني‌، در كنار پدر به خاك سپرده شد.